AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038237.01

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CRISPR-Local

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TCTGATATTGTCCTGGTAGC+AGG 0.383781 7:+42480373 None:intergenic
TAAATCAAAAGATACTTATA+AGG 0.394637 7:-42480293 MsG0780038237.01.T01:CDS
GGACAATATCAGATAAATTA+GGG 0.398089 7:-42480363 MsG0780038237.01.T01:CDS
GGATCGTTGGTAAGGGTAAT+CGG 0.399855 7:+42480511 None:intergenic
AAGGATTGTCGTTATGTTGT+TGG 0.402142 7:-42480469 MsG0780038237.01.T01:CDS
TAGTGGTATTGTTAATTACT+TGG 0.403580 7:-42480159 MsG0780038237.01.T02:CDS
ACTTCTACTATAAGTTCGTC+AGG 0.405229 7:+42480748 None:intergenic
CAAACATATCAATCCATTAC+AGG 0.409941 7:+42480444 None:intergenic
AGGTGCGACTTGACGAATAA+AGG 0.426137 7:+42480649 None:intergenic
AGCAGGACCTCAGTCGCATA+AGG 0.440476 7:+42480701 None:intergenic
GTTGGTAAGGGTAATCGGTT+TGG 0.441320 7:+42480516 None:intergenic
CCTTGCAATCATACGAAGAA+TGG 0.441755 7:+42480117 None:intergenic
ATTATGGAGTTCAAGAGTCT+TGG 0.455445 7:-42479908 MsG0780038237.01.T02:CDS
CGATCCTTACTATAGTTTGA+AGG 0.461001 7:-42480494 MsG0780038237.01.T01:CDS
TATAGTAAGGATCGTTGGTA+AGG 0.462815 7:+42480503 None:intergenic
TCAAATTATTGATTATAACT+TGG 0.463038 7:-42479862 MsG0780038237.01.T02:CDS
AGTTCGTCAGGGAGGATTGT+CGG 0.469064 7:+42480760 None:intergenic
TCTCTCAAATTATAGACAAC+GGG 0.496598 7:+42479754 None:intergenic
TTATCCTTCAAACTATAGTA+AGG 0.499695 7:+42480490 None:intergenic
TCCATCAACAGACAAATAGA+TGG 0.502123 7:+42479990 None:intergenic
TAATTTATCTGATATTGTCC+TGG 0.502227 7:+42480366 None:intergenic
CTGATATTGTCCTGGTAGCA+GGG 0.512124 7:+42480374 None:intergenic
TGGTAGCAGGGTTCCAGAAA+CGG 0.514905 7:+42480386 None:intergenic
TAAGAAACGATCAAAGGAGA+TGG 0.516173 7:+42480555 None:intergenic
CTTGCAATCATACGAAGAAT+GGG 0.519036 7:+42480118 None:intergenic
CAAATAGATGGCTTAATACA+TGG 0.529657 7:+42480002 None:intergenic
AAGGTAGTGAACTTATACCA+AGG 0.532059 7:-42480274 MsG0780038237.01.T01:CDS
TTTAGTCTGGTGATAATGCT+TGG 0.534593 7:-42480241 MsG0780038237.01.T01:CDS
GCAGGACCTCAGTCGCATAA+GGG 0.538162 7:+42480702 None:intergenic
AAATGTCAAATCAAAAGTGT+AGG 0.539140 7:+42480324 None:intergenic
GAGGATTGTCGGCGAAGACA+TGG 0.542272 7:+42480771 None:intergenic
GTTTCTGGAACCCTGCTACC+AGG 0.543319 7:-42480384 MsG0780038237.01.T01:CDS
GGGAAGAACACTTAGTATAG+AGG 0.548457 7:-42480593 MsG0780038237.01.T01:CDS
AATGTCAAATCAAAAGTGTA+GGG 0.549230 7:+42480325 None:intergenic
ACAAAACCCAAACTTCACAC+TGG 0.550340 7:-42480614 MsG0780038237.01.T01:CDS
CGAATAAAGGATCGGACATG+AGG 0.551030 7:+42480662 None:intergenic
CCATTCTTCGTATGATTGCA+AGG 0.556356 7:-42480117 MsG0780038237.01.T02:CDS
ATCTCTCAAATTATAGACAA+CGG 0.566772 7:+42479753 None:intergenic
CAAAACCCAAACTTCACACT+GGG 0.567564 7:-42480613 MsG0780038237.01.T01:CDS
AGGTAGTGAACTTATACCAA+GGG 0.569399 7:-42480273 MsG0780038237.01.T01:CDS
AAGAAACGATCAAAGGAGAT+GGG 0.569835 7:+42480556 None:intergenic
AATGGATTGATATGTTTGCT+CGG 0.574304 7:-42480439 MsG0780038237.01.T01:CDS
GGAGTTCCACGATTTACAGC+AGG 0.579343 7:+42480684 None:intergenic
ATAGTAAGGATCGTTGGTAA+GGG 0.590031 7:+42480504 None:intergenic
AACGATCAAAGGAGATGGGT+AGG 0.590687 7:+42480560 None:intergenic
AAAGGAGATGGGTAGGACAC+TGG 0.591026 7:+42480567 None:intergenic
CAAACTATAGTAAGGATCGT+TGG 0.598243 7:+42480498 None:intergenic
GATCATCAGCTAAGTTGTGA+TGG 0.600070 7:-42480191 MsG0780038237.01.T02:CDS
TATTTCACTTGATTTGGGCA+CGG 0.612849 7:-42480069 MsG0780038237.01.T02:CDS
GAATAAAGGATCGGACATGA+GGG 0.617415 7:+42480663 None:intergenic
CTTAGCTGATGATCCTCCAC+CGG 0.621935 7:+42480200 None:intergenic
TGAAAACCCTTATGCGACTG+AGG 0.634312 7:-42480708 MsG0780038237.01.T01:CDS
ACTCTCTAAGAAACGATCAA+AGG 0.635312 7:+42480549 None:intergenic
GTACTTCAACAAAACCTCGA+GGG 0.636346 7:+42480024 None:intergenic
TACTTCAACAAAACCTCGAG+GGG 0.639585 7:+42480025 None:intergenic
TGAGGTCCTGCTGTAAATCG+TGG 0.644274 7:-42480690 MsG0780038237.01.T01:CDS
CGACTTGACGAATAAAGGAT+CGG 0.669143 7:+42480654 None:intergenic
CTTCTACTATAAGTTCGTCA+GGG 0.673272 7:+42480749 None:intergenic
CTACTATAAGTTCGTCAGGG+AGG 0.687030 7:+42480752 None:intergenic
GGTACTTCAACAAAACCTCG+AGG 0.702246 7:+42480023 None:intergenic
GGTAGTGAACTTATACCAAG+GGG 0.719255 7:-42480272 MsG0780038237.01.T01:CDS
TGATTGCAAGGATCTTACTG+TGG 0.726006 7:-42480105 MsG0780038237.01.T02:CDS
ACTTCAACAAAACCTCGAGG+GGG 0.746432 7:+42480026 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TAAATCAAAAGATACTTATA+AGG - Chr7:42480234-42480253 MsG0780038237.01.T01:CDS 15.0%
!!! TCAAATTATTGATTATAACT+TGG - Chr7:42480665-42480684 MsG0780038237.01.T01:CDS 15.0%
! AAATTATGATGCACTCATAT+TGG - Chr7:42480730-42480749 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
! AGGACAATATCAGATAAATT+AGG - Chr7:42480163-42480182 MsG0780038237.01.T02:CDS 25.0%
! GGACAATATCAGATAAATTA+GGG - Chr7:42480164-42480183 MsG0780038237.01.T02:CDS 25.0%
! GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG - Chr7:42480453-42480472 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTTATCTGATATTGTCC+TGG + Chr7:42480164-42480183 None:intergenic 25.0%
! TAGTGGTATTGTTAATTACT+TGG - Chr7:42480368-42480387 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
! TGGAGAAAAAATTTGATTCT+CGG - Chr7:42480685-42480704 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG - Chr7:42480452-42480471 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
! TTACTATAGTTTGAAGGATA+AGG - Chr7:42480039-42480058 MsG0780038237.01.T02:CDS 25.0%
! TTATCCTTCAAACTATAGTA+AGG + Chr7:42480040-42480059 None:intergenic 25.0%
!! AAATGTCAAATCAAAAGTGT+AGG + Chr7:42480206-42480225 None:intergenic 25.0%
!! AATGTCAAATCAAAAGTGTA+GGG + Chr7:42480205-42480224 None:intergenic 25.0%
!! GAGAAATATTCAAAGTTTTC+CGG - Chr7:42480308-42480327 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGTGCATCATAATTTTAGAA+AGG + Chr7:42480725-42480744 None:intergenic 25.0%
!!! ATAATTTTAGAAAGGTGCAA+TGG + Chr7:42480717-42480736 None:intergenic 25.0%
!!! TACACTTTTGATTTGACATT+TGG - Chr7:42480205-42480224 MsG0780038237.01.T01:CDS 25.0%
AGAAAAAATTTGATTCTCGG+TGG - Chr7:42480688-42480707 MsG0780038237.01.T01:CDS 30.0%
ATATGGAAGATGACAGATTA+TGG - Chr7:42480603-42480622 MsG0780038237.01.T01:CDS 30.0%
CAAACATATCAATCCATTAC+AGG + Chr7:42480086-42480105 None:intergenic 30.0%
CAAATAGATGGCTTAATACA+TGG + Chr7:42480528-42480547 None:intergenic 30.0%
! AAATATTCAAAGTTTTCCGG+TGG - Chr7:42480311-42480330 MsG0780038237.01.T01:CDS 30.0%
! AGCAAACTCATCTTGTTATA+TGG - Chr7:42480586-42480605 MsG0780038237.01.T01:CDS 30.0%
!! AATGGATTGATATGTTTGCT+CGG - Chr7:42480088-42480107 MsG0780038237.01.T02:CDS 30.0%
!!! AGAAGTGTTTTCTTTACTTC+CGG - Chr7:42479796-42479815 MsG0780038237.01.T02:CDS 30.0%
AAGAAACGATCAAAGGAGAT+GGG + Chr7:42479974-42479993 None:intergenic 35.0%
AAGGATTGTCGTTATGTTGT+TGG - Chr7:42480058-42480077 MsG0780038237.01.T02:CDS 35.0%
AAGGTAGTGAACTTATACCA+AGG - Chr7:42480253-42480272 MsG0780038237.01.T01:CDS 35.0%
ACTTCTACTATAAGTTCGTC+AGG + Chr7:42479782-42479801 None:intergenic 35.0%
AGGTAGTGAACTTATACCAA+GGG - Chr7:42480254-42480273 MsG0780038237.01.T01:CDS 35.0%
ATTATGGAGTTCAAGAGTCT+TGG - Chr7:42480619-42480638 MsG0780038237.01.T01:CDS 35.0%
CAAACTATAGTAAGGATCGT+TGG + Chr7:42480032-42480051 None:intergenic 35.0%
CGATCCTTACTATAGTTTGA+AGG - Chr7:42480033-42480052 MsG0780038237.01.T02:CDS 35.0%
CTTCTACTATAAGTTCGTCA+GGG + Chr7:42479781-42479800 None:intergenic 35.0%
CTTGCAATCATACGAAGAAT+GGG + Chr7:42480412-42480431 None:intergenic 35.0%
TAAGAAACGATCAAAGGAGA+TGG + Chr7:42479975-42479994 None:intergenic 35.0%
TATAGTAAGGATCGTTGGTA+AGG + Chr7:42480027-42480046 None:intergenic 35.0%
TCCATCAACAGACAAATAGA+TGG + Chr7:42480540-42480559 None:intergenic 35.0%
! ACTCTCTAAGAAACGATCAA+AGG + Chr7:42479981-42480000 None:intergenic 35.0%
! ATAGTAAGGATCGTTGGTAA+GGG + Chr7:42480026-42480045 None:intergenic 35.0%
! TTTAGTCTGGTGATAATGCT+TGG - Chr7:42480286-42480305 MsG0780038237.01.T01:CDS 35.0%
!! TATGTTGTTGGTTCCTGTAA+TGG - Chr7:42480070-42480089 MsG0780038237.01.T02:CDS 35.0%
!! TATTTCACTTGATTTGGGCA+CGG - Chr7:42480458-42480477 MsG0780038237.01.T01:CDS 35.0%
ACAAAACCCAAACTTCACAC+TGG - Chr7:42479913-42479932 MsG0780038237.01.T02:CDS 40.0%
CAAAACCCAAACTTCACACT+GGG - Chr7:42479914-42479933 MsG0780038237.01.T02:CDS 40.0%
CCATTCTTCGTATGATTGCA+AGG - Chr7:42480410-42480429 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
CCTTGCAATCATACGAAGAA+TGG + Chr7:42480413-42480432 None:intergenic 40.0%
CGACTTGACGAATAAAGGAT+CGG + Chr7:42479876-42479895 None:intergenic 40.0%
GAATAAAGGATCGGACATGA+GGG + Chr7:42479867-42479886 None:intergenic 40.0%
GATCATCAGCTAAGTTGTGA+TGG - Chr7:42480336-42480355 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
GCCATCTATTTGTCTGTTGA+TGG - Chr7:42480536-42480555 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
GGGAAGAACACTTAGTATAG+AGG - Chr7:42479934-42479953 MsG0780038237.01.T02:CDS 40.0%
GGTAGTGAACTTATACCAAG+GGG - Chr7:42480255-42480274 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
GTACTTCAACAAAACCTCGA+GGG + Chr7:42480506-42480525 None:intergenic 40.0%
TACTTCAACAAAACCTCGAG+GGG + Chr7:42480505-42480524 None:intergenic 40.0%
TGATTGCAAGGATCTTACTG+TGG - Chr7:42480422-42480441 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
TTCTTCCCAGTGTGAAGTTT+GGG + Chr7:42479922-42479941 None:intergenic 40.0%
! TATTCAAAGTTTTCCGGTGG+AGG - Chr7:42480314-42480333 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
!! CTTTTAAGTCTGACGAGATG+TGG - Chr7:42480116-42480135 MsG0780038237.01.T02:CDS 40.0%
!! TGTGATGGTGTGCATTTTAG+TGG - Chr7:42480351-42480370 MsG0780038237.01.T01:CDS 40.0%
AAATATTTGCTTCCCCCTCG+AGG - Chr7:42480489-42480508 MsG0780038237.01.T01:CDS 45.0%
AACGATCAAAGGAGATGGGT+AGG + Chr7:42479970-42479989 None:intergenic 45.0%
ACTTCAACAAAACCTCGAGG+GGG + Chr7:42480504-42480523 None:intergenic 45.0%
AGGTGCGACTTGACGAATAA+AGG + Chr7:42479881-42479900 None:intergenic 45.0%
CGAATAAAGGATCGGACATG+AGG + Chr7:42479868-42479887 None:intergenic 45.0%
CTACTATAAGTTCGTCAGGG+AGG + Chr7:42479778-42479797 None:intergenic 45.0%
CTGATATTGTCCTGGTAGCA+GGG + Chr7:42480156-42480175 None:intergenic 45.0%
GGTACTTCAACAAAACCTCG+AGG + Chr7:42480507-42480526 None:intergenic 45.0%
GTTCTTCCCAGTGTGAAGTT+TGG + Chr7:42479923-42479942 None:intergenic 45.0%
TCTGATATTGTCCTGGTAGC+AGG + Chr7:42480157-42480176 None:intergenic 45.0%
TGAAAACCCTTATGCGACTG+AGG - Chr7:42479819-42479838 MsG0780038237.01.T02:CDS 45.0%
! AGTCGCATAAGGGTTTTCAC+CGG + Chr7:42479818-42479837 None:intergenic 45.0%
! GGATCGTTGGTAAGGGTAAT+CGG + Chr7:42480019-42480038 None:intergenic 45.0%
! GTTGGTAAGGGTAATCGGTT+TGG + Chr7:42480014-42480033 None:intergenic 45.0%
!! GGTTTTGTGTAGAACGCTGA+AGG + Chr7:42479901-42479920 None:intergenic 45.0%
AAAGGAGATGGGTAGGACAC+TGG + Chr7:42479963-42479982 None:intergenic 50.0%
ACGAGATGTGGTTCCGTTTC+TGG - Chr7:42480128-42480147 MsG0780038237.01.T02:CDS 50.0%
AGTTCGTCAGGGAGGATTGT+CGG + Chr7:42479770-42479789 None:intergenic 50.0%
CTTAGCTGATGATCCTCCAC+CGG + Chr7:42480330-42480349 None:intergenic 50.0%
GACTAAAAACACTCGCCCCT+TGG + Chr7:42480273-42480292 None:intergenic 50.0%
GGAGTTCCACGATTTACAGC+AGG + Chr7:42479846-42479865 None:intergenic 50.0%
TGAGGTCCTGCTGTAAATCG+TGG - Chr7:42479837-42479856 MsG0780038237.01.T02:CDS 50.0%
TGGTAGCAGGGTTCCAGAAA+CGG + Chr7:42480144-42480163 None:intergenic 50.0%
!!! AGGGGCGAGTGTTTTTAGTC+TGG - Chr7:42480273-42480292 MsG0780038237.01.T01:CDS 50.0%
AGCAGGACCTCAGTCGCATA+AGG + Chr7:42479829-42479848 None:intergenic 55.0%
GCAGGACCTCAGTCGCATAA+GGG + Chr7:42479828-42479847 None:intergenic 55.0%
!! GTTTCTGGAACCCTGCTACC+AGG - Chr7:42480143-42480162 MsG0780038237.01.T02:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 42479758 42480791 42479758 ID=MsG0780038237.01;Name=MsG0780038237.01
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