AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038761.01

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CRISPR-Local

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CCTGTGTGTTTGTCCGAAAA+TGG 0.347373 7:+52701015 MsG0780038761.01.T01:CDS
TTCTCATGTGATCATAATAA+AGG 0.350159 7:-52700873 None:intergenic
TGTTACCATCCAACAATTAG+TGG 0.360959 7:+52700738 MsG0780038761.01.T01:CDS
TCGTGAATGGTAGTGTTAAC+TGG 0.366369 7:+52700671 MsG0780038761.01.T01:CDS
TTGCAAGCTCGTAGTAGAAT+TGG 0.367399 7:-52700640 None:intergenic
AGCAAGAGCTGGTTCATCTT+GGG 0.368072 7:-52700830 None:intergenic
GATTTGTTATTATGTATAAT+CGG 0.392177 7:+52701078 MsG0780038761.01.T01:CDS
TTGTGGGAAATGAGAGAGTT+TGG 0.392285 7:+52700907 MsG0780038761.01.T01:CDS
CTTCTTTGGTAGCCAGCAAC+AGG 0.400280 7:-52701044 None:intergenic
CAGCAAGAGCTGGTTCATCT+TGG 0.416368 7:-52700831 None:intergenic
ATTGTATGGGTGATAGTTGT+TGG 0.425645 7:+52700590 MsG0780038761.01.T01:CDS
GGAGGGGAGAGTTCATTGTA+TGG 0.434140 7:+52700576 MsG0780038761.01.T01:CDS
AAATGGAGATGTCCTGTTGC+TGG 0.455780 7:+52701032 MsG0780038761.01.T01:CDS
CGTAGTAGAATTGGAAAAGT+AGG 0.464298 7:-52700631 None:intergenic
AAACAGTGATAACTATAAAT+GGG 0.473731 7:+52700711 MsG0780038761.01.T01:CDS
TCAAGAATCTTGGACTCGGT+TGG 0.536209 7:+52700933 MsG0780038761.01.T01:CDS
TGCAATGGACCATTCGTGAA+TGG 0.537960 7:+52700658 MsG0780038761.01.T01:CDS
CCCCTCAAAACAGCAAGAGC+TGG 0.538513 7:-52700841 None:intergenic
GAGTTCAAGAATCTTGGACT+CGG 0.552971 7:+52700929 MsG0780038761.01.T01:CDS
GGCACCTCACCAAAACCATC+AGG 0.557557 7:-52700808 None:intergenic
ATTATGTATAATCGGAGAGA+TGG 0.559666 7:+52701086 MsG0780038761.01.T01:CDS
GTAGTAGAATTGGAAAAGTA+GGG 0.569967 7:-52700630 None:intergenic
GAGGGGAGAGTTCATTGTAT+GGG 0.581732 7:+52700577 MsG0780038761.01.T01:CDS
GCAAGAGCTGGTTCATCTTG+GGG 0.607876 7:-52700829 None:intergenic
ATTCTACTACGAGCTTGCAA+TGG 0.616129 7:+52700643 MsG0780038761.01.T01:CDS
CGTACAACACATAAAATGGA+GGG 0.634664 7:+52700559 None:intergenic
GTACAACACATAAAATGGAG+GGG 0.660274 7:+52700560 None:intergenic
TTAACACTACCATTCACGAA+TGG 0.692669 7:-52700667 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! GATTTGTTATTATGTATAAT+CGG + Chr7:52701078-52701097 MsG0780038761.01.T01:CDS 15.0%
!! AAACAGTGATAACTATAAAT+GGG + Chr7:52700711-52700730 MsG0780038761.01.T01:CDS 20.0%
!! TAAACAGTGATAACTATAAA+TGG + Chr7:52700710-52700729 MsG0780038761.01.T01:CDS 20.0%
! ATCTAAAAGATCTTCTTCTT+TGG - Chr7:52701061-52701080 None:intergenic 25.0%
! TTCTCATGTGATCATAATAA+AGG - Chr7:52700876-52700895 None:intergenic 25.0%
AAAAACCACTAATTGTTGGA+TGG - Chr7:52700746-52700765 None:intergenic 30.0%
ATTATGTATAATCGGAGAGA+TGG + Chr7:52701086-52701105 MsG0780038761.01.T01:CDS 30.0%
GTAGTAGAATTGGAAAAGTA+GGG - Chr7:52700633-52700652 None:intergenic 30.0%
GTGAAAAAACCACTAATTGT+TGG - Chr7:52700750-52700769 None:intergenic 30.0%
!!! GAGAACACATTTTGTTTTGT+GGG + Chr7:52700891-52700910 MsG0780038761.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGAGAACACATTTTGTTTTG+TGG + Chr7:52700890-52700909 MsG0780038761.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTATGGGTGATAGTTGT+TGG + Chr7:52700590-52700609 MsG0780038761.01.T01:CDS 35.0%
CGTAGTAGAATTGGAAAAGT+AGG - Chr7:52700634-52700653 None:intergenic 35.0%
TGTTACCATCCAACAATTAG+TGG + Chr7:52700738-52700757 MsG0780038761.01.T01:CDS 35.0%
TTAACACTACCATTCACGAA+TGG - Chr7:52700670-52700689 None:intergenic 35.0%
! AAGTATATTTTGCTGCCTGA+TGG + Chr7:52700793-52700812 MsG0780038761.01.T01:CDS 35.0%
! AGTTTGGAGTTCAAGAATCT+TGG + Chr7:52700923-52700942 MsG0780038761.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGGTTTTTTCACTTGATCTG+CGG + Chr7:52700758-52700777 MsG0780038761.01.T01:CDS 35.0%
ACAGGCAACAGCAGAAAATT+AGG - Chr7:52701000-52701019 None:intergenic 40.0%
ATTCTACTACGAGCTTGCAA+TGG + Chr7:52700643-52700662 MsG0780038761.01.T01:CDS 40.0%
GAGTTCAAGAATCTTGGACT+CGG + Chr7:52700929-52700948 MsG0780038761.01.T01:CDS 40.0%
TTGCAAGCTCGTAGTAGAAT+TGG - Chr7:52700643-52700662 None:intergenic 40.0%
TTGTGGGAAATGAGAGAGTT+TGG + Chr7:52700907-52700926 MsG0780038761.01.T01:CDS 40.0%
! ATTTTGCTGCCTGATGGTTT+TGG + Chr7:52700799-52700818 MsG0780038761.01.T01:CDS 40.0%
! CAACAGGACATCTCCATTTT+CGG - Chr7:52701031-52701050 None:intergenic 40.0%
! TCGTGAATGGTAGTGTTAAC+TGG + Chr7:52700671-52700690 MsG0780038761.01.T01:CDS 40.0%
! TTTTTCACTTGATCTGCGGA+AGG + Chr7:52700762-52700781 MsG0780038761.01.T01:CDS 40.0%
AAATGGAGATGTCCTGTTGC+TGG + Chr7:52701032-52701051 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
CCTGTGTGTTTGTCCGAAAA+TGG + Chr7:52701015-52701034 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
GAGGGGAGAGTTCATTGTAT+GGG + Chr7:52700577-52700596 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
TGCAATGGACCATTCGTGAA+TGG + Chr7:52700658-52700677 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
! AGCAAGAGCTGGTTCATCTT+GGG - Chr7:52700833-52700852 None:intergenic 45.0%
! CCATTTTCGGACAAACACAC+AGG - Chr7:52701018-52701037 None:intergenic 45.0%
! TCAAGAATCTTGGACTCGGT+TGG + Chr7:52700933-52700952 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
!!! AACCAGCTCTTGCTGTTTTG+AGG + Chr7:52700839-52700858 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
!!! ACCAGCTCTTGCTGTTTTGA+GGG + Chr7:52700840-52700859 MsG0780038761.01.T01:CDS 45.0%
GGAGGGGAGAGTTCATTGTA+TGG + Chr7:52700576-52700595 MsG0780038761.01.T01:CDS 50.0%
! CAGCAAGAGCTGGTTCATCT+TGG - Chr7:52700834-52700853 None:intergenic 50.0%
! CTTCTTTGGTAGCCAGCAAC+AGG - Chr7:52701047-52701066 None:intergenic 50.0%
! GCAAGAGCTGGTTCATCTTG+GGG - Chr7:52700832-52700851 None:intergenic 50.0%
!!! CCAGCTCTTGCTGTTTTGAG+GGG + Chr7:52700841-52700860 MsG0780038761.01.T01:CDS 50.0%
CCCCTCAAAACAGCAAGAGC+TGG - Chr7:52700844-52700863 None:intergenic 55.0%
GGCACCTCACCAAAACCATC+AGG - Chr7:52700811-52700830 None:intergenic 55.0%
!!! GCTGCCTGATGGTTTTGGTG+AGG + Chr7:52700804-52700823 MsG0780038761.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52700574 52701113 52700574 ID=MsG0780038761.01;Name=MsG0780038761.01
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Gene Sequence

>MsG0780038761.01.T01

ATGGAGGGGAGAGTTCATTGTATGGGTGATAGTTGTTGGAGAAAGACTCTCGATTGCCCTACTTTTCCAATTCTACTACGAGCTTGCAATGGACCATTCGTGAATGGTAGTGTTAACTGGTTAGCACTTCACAACTTAAACAGTGATAACTATAAATGGGAAAATGTTACCATCCAACAATTAGTGGTTTTTTCACTTGATCTGCGGAAGGAGACAAGTAAGTATATTTTGCTGCCTGATGGTTTTGGTGAGGTGCCCCAAGATGAACCAGCTCTTGCTGTTTTGAGGGGTCGCTTGTGCCTTTATTATGATCACATGAGAACACATTTTGTTTTGTGGGAAATGAGAGAGTTTGGAGTTCAAGAATCTTGGACTCGGTTGGTGAATGTCAGTTATTTGCATCTAAAATTTTATGATATTGTGCCTAATTTTCTGCTGTTGCCTGTGTGTTTGTCCGAAAATGGAGATGTCCTGTTGCTGGCTACCAAAGAAGAAGATCTTTTAGATTTGTTATTATGTATAATCGGAGAGATGGTATAG
Protein sequence

>MsG0780038761.01.T01

MEGRVHCMGDSCWRKTLDCPTFPILLRACNGPFVNGSVNWLALHNLNSDNYKWENVTIQQLVVFSLDLRKETSKYILLPDGFGEVPQDEPALAVLRGRLCLYYDHMRTHFVLWEMREFGVQESWTRLVNVSYLHLKFYDIVPNFLLLPVCLSENGDVLLLATKEEDLLDLLLCIIGEMV*