AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038738.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 84 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 97 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACTCTTACATTTGTTGTCTT+TGG 0.194444 7:-52105818 None:intergenic
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AGTCGATAGTAAGGATCTTT+TGG 0.294797 7:-52105557 None:intergenic
CTTGTTGCCATTATGCCTTT+TGG 0.314169 7:+52106270 MsG0780038738.01.T03:CDS
TATGATTATTTCACTTGATT+CGG 0.315799 7:+52106018 MsG0780038738.01.T03:CDS
TCTGATATTGTCCTTGTGGC+TGG 0.328320 7:-52105701 None:intergenic
TACTTTAGCACACTTGGATT+TGG 0.328874 7:-52106103 None:intergenic
TTTGGAAGATTGATAATGAT+TGG 0.334730 7:-52105539 None:intergenic
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ATATGGCAAATGAAGGAATA+TGG 0.366083 7:+52106169 MsG0780038738.01.T03:CDS
ATTTGAGTAGTAATGTTAAT+TGG 0.394391 7:+52105933 MsG0780038738.01.T03:CDS
CTCAATATAGAGAGGACAAT+GGG 0.400650 7:+52105645 MsG0780038738.01.T03:CDS
CTGATATTGTCCTTGTGGCT+GGG 0.410448 7:-52105700 None:intergenic
TTCTTCTCCAAAAGGCATAA+TGG 0.415337 7:-52106277 None:intergenic
AATTAAAGGGATGATCTATC+TGG 0.416772 7:-52106240 None:intergenic
CTTGGATTTGGTATAACAAA+TGG 0.418406 7:-52106091 None:intergenic
TCTGTTTAGACAACCATGTT+TGG 0.419203 7:+52105843 MsG0780038738.01.T03:CDS
AAGGATTGCTTCCACATTGT+TGG 0.425486 7:+52105587 MsG0780038738.01.T03:CDS
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AACAAGCACAAGTAATTAAA+GGG 0.435408 7:-52106253 None:intergenic
AATGAAGGAATATGGAGTTC+AGG 0.435645 7:+52106177 MsG0780038738.01.T03:CDS
TAAGCAAAGCAATCCATTGC+AGG 0.443837 7:-52105612 None:intergenic
GAGAGATTGGACAGGAAGGA+AGG 0.455638 7:-52105315 None:intergenic
AGACAATACTTTAGCACACT+TGG 0.461866 7:-52106109 None:intergenic
TACCAGCGATGGTGAGGCGT+TGG 0.462683 7:-52105258 None:intergenic
ACTTCAGCCGTATGAGAGAT+TGG 0.474362 7:-52105328 None:intergenic
AATATGGAGTTCAGGAGTCT+TGG 0.485314 7:+52106185 MsG0780038738.01.T03:CDS
ACCAGCGATGGTGAGGCGTT+GGG 0.489274 7:-52105257 None:intergenic
AACCAAACGTGAAGTTAAAA+GGG 0.490257 7:-52105754 None:intergenic
AATAATCATAAATTGTTCAA+TGG 0.492787 7:-52106005 None:intergenic
GTGTATCGTTCTTCTCCAAA+AGG 0.501199 7:-52106285 None:intergenic
TTAGATGATGATGATGGCCT+AGG 0.509431 7:+52105728 MsG0780038738.01.T03:CDS
TTACTATCGACTCAAGGAAA+AGG 0.515645 7:+52105568 MsG0780038738.01.T03:CDS
GAGTAGTAATGTTAATTGGT+TGG 0.516683 7:+52105937 MsG0780038738.01.T03:CDS
TATTGTATGATACAAATTTG+CGG 0.519842 7:-52105433 None:intergenic
AGGTGCAATTTGACGAAGGA+GGG 0.525230 7:-52105386 None:intergenic
TTCCTGTCCAATCTCTCATA+CGG 0.536847 7:+52105321 MsG0780038738.01.T03:CDS
CGAAGGAGGGTTCAGATATG+AGG 0.537302 7:-52105373 None:intergenic
GGATGACGTCGTGGCTGAGA+TGG 0.541086 7:-52105236 None:intergenic
TGACGTCGTGGCTGAGATGG+AGG 0.542835 7:-52105233 None:intergenic
GTGGCTGAGATGGAGGGTTG+AGG 0.544886 7:-52105226 None:intergenic
TCCCAACGCCTCACCATCGC+TGG 0.545920 7:+52105256 MsG0780038738.01.T03:CDS
GAAGATTGATAATGATTGGA+CGG 0.555515 7:-52105535 None:intergenic
GGTCACGACCATGCAATTCG+TGG 0.567193 7:-52105486 None:intergenic
TTTGAATATCTCTCCAAACA+TGG 0.567578 7:-52105856 None:intergenic
CCGTGATGATTATTATTGCA+AGG 0.569969 7:+52105976 MsG0780038738.01.T03:CDS
TTGGACGGTTCTCGAGCAAA+CGG 0.570063 7:-52105520 None:intergenic
TAATTCAACAGAAACTCATA+AGG 0.572814 7:+52105781 MsG0780038738.01.T03:CDS
TGATGATGATGATGGACCAC+GGG 0.580069 7:-52105884 None:intergenic
TATGTCTTCCACGAATTGCA+TGG 0.590126 7:+52105478 MsG0780038738.01.T03:intron
GAGTTCAGGAGTCTTGGACT+CGG 0.593738 7:+52106191 MsG0780038738.01.T03:CDS
TGAAGTTAAAAGGGAAACCT+AGG 0.596284 7:-52105745 None:intergenic
GAGGAATACCAGCGATGGTG+AGG 0.597838 7:-52105264 None:intergenic
AGATCCTTACTATCGACTCA+AGG 0.606619 7:+52105562 MsG0780038738.01.T03:CDS
CCTTGCAATAATAATCATCA+CGG 0.609682 7:-52105976 None:intergenic
CTTAAGGTGCAATTTGACGA+AGG 0.613039 7:-52105390 None:intergenic
AGCCGTATGAGAGATTGGAC+AGG 0.615068 7:-52105323 None:intergenic
GGATTGCTTTGCTTATTCGG+AGG 0.615708 7:+52105620 MsG0780038738.01.T03:CDS
CATCAACTTAGTATGTGTCT+CGG 0.617914 7:-52106044 None:intergenic
GAGCAAACGGAAAACTGTGA+AGG 0.620976 7:-52105507 None:intergenic
AGGAAGGAAGGAAAGCACTT+CGG 0.627464 7:-52105303 None:intergenic
TGAAGTGTGTGAGTAAATCA+TGG 0.631747 7:+52105345 MsG0780038738.01.T03:CDS
AAGGTGCAATTTGACGAAGG+AGG 0.634940 7:-52105387 None:intergenic
GTATGAGAGATTGGACAGGA+AGG 0.640588 7:-52105319 None:intergenic
TTCAACAGAAACTCATAAGG+TGG 0.641746 7:+52105784 MsG0780038738.01.T03:CDS
CGGAGGAACTCAATATAGAG+AGG 0.641950 7:+52105637 MsG0780038738.01.T03:CDS
TCAATATAGAGAGGACAATG+GGG 0.653614 7:+52105646 MsG0780038738.01.T03:CDS
GACGTCGTGGCTGAGATGGA+GGG 0.660470 7:-52105232 None:intergenic
CATTGCAGGAACCAACAATG+TGG 0.660789 7:-52105598 None:intergenic
CAATATAGAGAGGACAATGG+GGG 0.661830 7:+52105647 MsG0780038738.01.T03:CDS
ACTCAATATAGAGAGGACAA+TGG 0.665498 7:+52105644 MsG0780038738.01.T03:CDS
TCAGGGAGGAATACCAGCGA+TGG 0.669882 7:-52105269 None:intergenic
CGGCAATAAGTTCGTCAGGG+AGG 0.673747 7:-52105283 None:intergenic
GAGGCGTTGGGATGACGTCG+TGG 0.691048 7:-52105245 None:intergenic
CTTCGGCAATAAGTTCGTCA+GGG 0.693846 7:-52105286 None:intergenic
ACTTCATAGAAACAGTGAGG+AGG 0.711277 7:-52106067 None:intergenic
AATATAGAGAGGACAATGGG+GGG 0.714472 7:+52105648 MsG0780038738.01.T03:CDS
GGTACTTCATAGAAACAGTG+AGG 0.726074 7:-52106070 None:intergenic
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ATGATGATGATGGACCACGG+GGG 0.902099 7:-52105882 None:intergenic

CRISPR-GE

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!! AATTTGTATCATACAATATG+TGG + Chr7:52105438-52105457 MsG0780038738.01.T03:intron 20.0%
!! ATTTGAGTAGTAATGTTAAT+TGG + Chr7:52105933-52105952 MsG0780038738.01.T03:CDS 20.0%
!! TATGATTATTTCACTTGATT+CGG + Chr7:52106018-52106037 MsG0780038738.01.T03:CDS 20.0%
!! TATTGTATGATACAAATTTG+CGG - Chr7:52105436-52105455 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTATTATATGGCAAATGA+AGG + Chr7:52106162-52106181 MsG0780038738.01.T03:CDS 20.0%
! AACAAGCACAAGTAATTAAA+GGG - Chr7:52106256-52106275 None:intergenic 25.0%
! ATGATTATTTCACTTGATTC+GGG + Chr7:52106019-52106038 MsG0780038738.01.T03:CDS 25.0%
! TAATTCAACAGAAACTCATA+AGG + Chr7:52105781-52105800 MsG0780038738.01.T03:CDS 25.0%
!! GAAAAATTAGATGATGATGA+TGG + Chr7:52105722-52105741 MsG0780038738.01.T03:CDS 25.0%
!!! TTTGGAAGATTGATAATGAT+TGG - Chr7:52105542-52105561 None:intergenic 25.0%
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AATTAAAGGGATGATCTATC+TGG - Chr7:52106243-52106262 None:intergenic 30.0%
ATATGGCAAATGAAGGAATA+TGG + Chr7:52106169-52106188 MsG0780038738.01.T03:CDS 30.0%
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GAGTAGTAATGTTAATTGGT+TGG + Chr7:52105937-52105956 MsG0780038738.01.T03:CDS 30.0%
TAACCAAACGTGAAGTTAAA+AGG - Chr7:52105758-52105777 None:intergenic 30.0%
TTTGAATATCTCTCCAAACA+TGG - Chr7:52105859-52105878 None:intergenic 30.0%
! CTTGGATTTGGTATAACAAA+TGG - Chr7:52106094-52106113 None:intergenic 30.0%
! TTTTTCTGATATTGTCCTTG+TGG - Chr7:52105708-52105727 None:intergenic 30.0%
!! AATGGATTGCTTTGCTTATT+CGG + Chr7:52105617-52105636 MsG0780038738.01.T03:CDS 30.0%
!! ACTCTTACATTTGTTGTCTT+TGG - Chr7:52105821-52105840 None:intergenic 30.0%
!! GAAGATTGATAATGATTGGA+CGG - Chr7:52105538-52105557 None:intergenic 30.0%
!! GATATTGATGATGATGATGA+TGG - Chr7:52105895-52105914 None:intergenic 30.0%
AATGAAGGAATATGGAGTTC+AGG + Chr7:52106177-52106196 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
ACTCAATATAGAGAGGACAA+TGG + Chr7:52105644-52105663 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
AGACAATACTTTAGCACACT+TGG - Chr7:52106112-52106131 None:intergenic 35.0%
CATCAACTTAGTATGTGTCT+CGG - Chr7:52106047-52106066 None:intergenic 35.0%
CATCTTGTGTAGTTCTCTTA+AGG - Chr7:52105409-52105428 None:intergenic 35.0%
CCGTGATGATTATTATTGCA+AGG + Chr7:52105976-52105995 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
CTCAATATAGAGAGGACAAT+GGG + Chr7:52105645-52105664 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
TACTTTAGCACACTTGGATT+TGG - Chr7:52106106-52106125 None:intergenic 35.0%
TCAATATAGAGAGGACAATG+GGG + Chr7:52105646-52105665 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
TCTGTTTAGACAACCATGTT+TGG + Chr7:52105843-52105862 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
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TGAAGTTAAAAGGGAAACCT+AGG - Chr7:52105748-52105767 None:intergenic 35.0%
TTCAACAGAAACTCATAAGG+TGG + Chr7:52105784-52105803 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
! AGTCGATAGTAAGGATCTTT+TGG - Chr7:52105560-52105579 None:intergenic 35.0%
! GAAAGAAATGGCTTCGTTTT+TGG + Chr7:52105675-52105694 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
! TTCTTCTCCAAAAGGCATAA+TGG - Chr7:52106280-52106299 None:intergenic 35.0%
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!! TTACTATCGACTCAAGGAAA+AGG + Chr7:52105568-52105587 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
!!! TTCCCTTTTAACTTCACGTT+TGG + Chr7:52105752-52105771 MsG0780038738.01.T03:CDS 35.0%
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AATATAGAGAGGACAATGGG+GGG + Chr7:52105648-52105667 MsG0780038738.01.T03:CDS 40.0%
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ACTTCATAGAAACAGTGAGG+AGG - Chr7:52106070-52106089 None:intergenic 40.0%
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CTTAAGGTGCAATTTGACGA+AGG - Chr7:52105393-52105412 None:intergenic 40.0%
GGTACTTCATAGAAACAGTG+AGG - Chr7:52106073-52106092 None:intergenic 40.0%
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TATGTCTTCCACGAATTGCA+TGG + Chr7:52105478-52105497 MsG0780038738.01.T03:intron 40.0%
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! CTTGTTGCCATTATGCCTTT+TGG + Chr7:52106270-52106289 MsG0780038738.01.T03:CDS 40.0%
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!! ATGATGATGATGATGGACCA+CGG - Chr7:52105888-52105907 None:intergenic 40.0%
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!! AGGAAGGAAGGAAAGCACTT+CGG - Chr7:52105306-52105325 None:intergenic 45.0%
!! CACATTGTTGGTTCCTGCAA+TGG + Chr7:52105599-52105618 MsG0780038738.01.T03:CDS 45.0%
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!! ATGATGATGATGGACCACGG+GGG - Chr7:52105885-52105904 None:intergenic 50.0%
!! GATGATGATGATGGACCACG+GGG - Chr7:52105886-52105905 None:intergenic 50.0%
!!! GTTTTTGGAACCCAGCCACA+AGG + Chr7:52105690-52105709 MsG0780038738.01.T03:CDS 50.0%
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GGATGACGTCGTGGCTGAGA+TGG - Chr7:52105239-52105258 None:intergenic 60.0%
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! ACCAGCGATGGTGAGGCGTT+GGG - Chr7:52105260-52105279 None:intergenic 60.0%
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Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52105221 52106336 52105221 ID=MsG0780038738.01;Name=MsG0780038738.01
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