AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039765.01

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MsG0780039765.01.T06 AT1G11620 29.514 288 136 12 8 281 6 240 1.40e-12 68.9
MsG0780039765.01.T06 AT3G21120 25.424 236 149 7 8 241 3 213 1.58e-12 68.9
MsG0780039765.01.T06 AT1G47340 25.697 323 190 11 5 318 34 315 1.60e-12 69.3
MsG0780039765.01.T06 AT1G53370 26.848 257 152 9 8 259 28 253 1.63e-12 68.9
MsG0780039765.01.T06 AT3G23880 25.688 327 202 8 8 332 14 301 2.78e-12 68.2
MsG0780039765.01.T06 AT1G33530 24.625 333 178 11 5 326 94 364 2.54e-11 65.5
MsG0780039765.01.T06 AT4G22390 23.158 380 215 14 9 367 5 328 4.19e-11 64.7
MsG0780039765.01.T06 AT4G22390 23.158 380 215 14 9 367 5 328 4.45e-11 64.7
MsG0780039765.01.T06 AT3G07870 23.837 344 188 12 8 326 28 322 9.07e-11 63.9
MsG0780039765.01.T02 AT4G12560 25.735 272 168 9 12 260 108 368 9.55e-15 73.9
MsG0780039765.01.T02 AT4G12560 25.735 272 168 9 12 260 108 368 9.55e-15 73.9
MsG0780039765.01.T02 AT4G12560 25.735 272 168 9 12 260 108 368 9.55e-15 73.9

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CGAAATCACGATCGGAAATT+AGG 0.088633 7:+68770048 None:intergenic
CATAATCTATTTGAAGATTT+TGG 0.128034 7:+68769157 None:intergenic
ATCCCCAAAGAGGTCTATTT+TGG 0.181103 7:-68769954 MsG0780039765.01.T06:CDS
GTTATTGTTTCTCTTGATTT+GGG 0.181847 7:-68769369 MsG0780039765.01.T06:CDS
TGTTATTGTTTCTCTTGATT+TGG 0.199901 7:-68769370 MsG0780039765.01.T06:CDS
TTAAATCTCTTGTACGATTC+AGG 0.238405 7:-68770094 MsG0780039765.01.T06:CDS
ATTCCAAAATAGACCTCTTT+GGG 0.271341 7:+68769951 None:intergenic
TCAAATAGATTATGACATTA+TGG 0.277814 7:-68769148 MsG0780039765.01.T06:CDS
GGAACTTACTTTCAAAATAC+TGG 0.285361 7:+68768916 None:intergenic
AATTTGGACTTGAAGATTCT+TGG 0.303524 7:-68769203 MsG0780039765.01.T06:CDS
ATATGGAAGATGAAGAAATT+TGG 0.303991 7:-68769219 MsG0780039765.01.T06:CDS
AGGAAACCGAATTTGTTATA+TGG 0.311758 7:-68769236 MsG0780039765.01.T06:CDS
AATTCCAAAATAGACCTCTT+TGG 0.315911 7:+68769950 None:intergenic
GAAATCACGATCGGAAATTA+GGG 0.327825 7:+68770049 None:intergenic
CATCTTCCATATAACAAATT+CGG 0.336028 7:+68769230 None:intergenic
TTCAAATGAAGAGGAAGAAC+AGG 0.342757 7:+68769513 None:intergenic
CCATTGTTTCTTTCTGAGGA+TGG 0.345898 7:-68769105 MsG0780039765.01.T06:CDS
TTATCGTTCAAGTAATAGTT+AGG 0.347974 7:+68769834 None:intergenic
ACTTGAGTGGAACTCTTAAC+TGG 0.351452 7:-68769467 MsG0780039765.01.T06:CDS
TCAGGTGTGTAAGTAAATAT+TGG 0.351619 7:-68770076 MsG0780039765.01.T06:CDS
TAACTTTGGGTGATGATGTT+TGG 0.355974 7:-68769554 MsG0780039765.01.T06:CDS
AGTAAACAACGTGTAGAGTA+TGG 0.370556 7:+68769891 None:intergenic
CATTGTTTCTTTCTGAGGAT+GGG 0.375239 7:-68769104 MsG0780039765.01.T06:CDS
AATCGTACAAGAGATTTAAC+TGG 0.389343 7:+68770098 None:intergenic
ATCTCAGTGATGAGATCATC+AGG 0.395727 7:+68770134 None:intergenic
TGAGGTGAGGGTTCTAACTT+TGG 0.428127 7:-68769568 MsG0780039765.01.T06:CDS
CGTCATGATCATTCAGCTGA+AGG 0.455821 7:-68769675 MsG0780039765.01.T06:CDS
ATTGTTTCTTTCTGAGGATG+GGG 0.473128 7:-68769103 MsG0780039765.01.T06:CDS
GGGAAGCAACTCTCTATCAT+TGG 0.478517 7:-68769050 MsG0780039765.01.T06:CDS
TCCTTGTTGGTATTCTGTCA+AGG 0.481413 7:-68768959 MsG0780039765.01.T06:CDS
AAGAGATTTAACTGGAAGAA+AGG 0.485055 7:+68770106 None:intergenic
CATCAGTATTTACTGCCTCA+TGG 0.492090 7:-68769333 MsG0780039765.01.T06:CDS
GAACCAACCCTTGATGTGTT+GGG 0.492966 7:-68769288 MsG0780039765.01.T06:CDS
ATTGCATAGCAATCGAGAAC+GGG 0.493395 7:-68769070 MsG0780039765.01.T06:CDS
GGCAGCCTCCCAACACATCA+AGG 0.493433 7:+68769280 None:intergenic
AAAAGATTCTCTGATTTCGT+TGG 0.494623 7:-68769813 MsG0780039765.01.T06:CDS
ACATCAAGGGTTGGTTCTAC+CGG 0.500760 7:+68769294 None:intergenic
GAGGTGAGGGTTCTAACTTT+GGG 0.504115 7:-68769567 MsG0780039765.01.T06:CDS
GGTGCCATTGTTTCTTTCTG+AGG 0.511829 7:-68769109 MsG0780039765.01.T06:CDS
TTATTGTTTCTCTTGATTTG+GGG 0.514475 7:-68769368 MsG0780039765.01.T06:CDS
ATCTCAAGAGATCAGCAATA+CGG 0.538620 7:-68770016 MsG0780039765.01.T06:CDS
AGAACCAACCCTTGATGTGT+TGG 0.542005 7:-68769289 MsG0780039765.01.T06:CDS
AATTGACGAGAATGAATATG+AGG 0.545224 7:-68769931 MsG0780039765.01.T06:CDS
GATTTCGTTGGTACCTGCGA+TGG 0.545264 7:-68769801 MsG0780039765.01.T06:CDS
TCTCTAGAGTTCAAATGAAG+AGG 0.555386 7:+68769504 None:intergenic
GTGATGTCTCAGTGCATTCA+CGG 0.555858 7:-68769603 MsG0780039765.01.T06:CDS
GGTGTTGGTGTTTACTTGAG+TGG 0.560329 7:-68769480 MsG0780039765.01.T06:CDS
GATGTTTGGAGAAATATTGA+AGG 0.565407 7:-68769540 MsG0780039765.01.T06:CDS
CATCACTACTTTATAAGTGT+CGG 0.567628 7:+68769620 None:intergenic
CTTCATTTGAACTCTAGAGA+TGG 0.571823 7:-68769501 MsG0780039765.01.T06:CDS
CAAATCTACTTACGATGACT+CGG 0.575795 7:-68770172 None:intergenic
GAGAAGAATCAATCCATCGC+AGG 0.581482 7:+68769788 None:intergenic
CGATGAAAATATCCCCAAAG+AGG 0.583713 7:-68769964 MsG0780039765.01.T06:CDS
TGGATTTGATGAAGTGCCAC+CGG 0.595536 7:-68769313 MsG0780039765.01.T06:CDS
CATGAGGCAGTAAATACTGA+TGG 0.598221 7:+68769334 None:intergenic
GAGTGGAACTCTTAACTGGT+TGG 0.603084 7:-68769463 MsG0780039765.01.T06:CDS
AGGCAGTAAATACTGATGGT+AGG 0.606559 7:+68769338 None:intergenic
TGAATTGACAAGTGAGGTGA+GGG 0.607933 7:-68769580 MsG0780039765.01.T06:CDS
CCTCCCAACACATCAAGGGT+TGG 0.614814 7:+68769285 None:intergenic
CATCAAAGGTGAATGACGAC+GGG 0.615134 7:+68769862 None:intergenic
AACATAACTACTGTGAAGAG+TGG 0.618487 7:+68769990 None:intergenic
CCATCCTCAGAAAGAAACAA+TGG 0.631571 7:+68769105 None:intergenic
GCAGCCTCCCAACACATCAA+GGG 0.632225 7:+68769281 None:intergenic
ATAGTTAGGATCGACATCAA+AGG 0.632345 7:+68769848 None:intergenic
GTGAATTGACAAGTGAGGTG+AGG 0.632381 7:-68769581 MsG0780039765.01.T06:CDS
TTCCAAAATAGACCTCTTTG+GGG 0.633842 7:+68769952 None:intergenic
ACTTACGATGACTCGGTCGG+CGG 0.634251 7:-68770165 None:intergenic
CAATTTCACGAAATCACGAT+CGG 0.636864 7:+68770040 None:intergenic
TATTGCATAGCAATCGAGAA+CGG 0.638782 7:-68769071 MsG0780039765.01.T06:CDS
TTGAACTCTAGAGATGGTGT+TGG 0.639713 7:-68769495 MsG0780039765.01.T06:CDS
TCAAGGGTTGGTTCTACCGG+TGG 0.659002 7:+68769297 None:intergenic
ACATCAAAGGTGAATGACGA+CGG 0.660374 7:+68769861 None:intergenic
TCTACTTACGATGACTCGGT+CGG 0.667099 7:-68770168 None:intergenic
TCTCAGTGATGAGATCATCA+GGG 0.692742 7:+68770135 None:intergenic
TCACGGTGAATTGACAAGTG+AGG 0.695592 7:-68769586 MsG0780039765.01.T06:CDS
GGCACTTCATCAAATCCATG+AGG 0.725980 7:+68769318 None:intergenic
TCCTTGACAGAATACCAACA+AGG 0.730381 7:+68768958 None:intergenic
GGAGAGATAATCGAGTACAA+CGG 0.734203 7:-68769029 MsG0780039765.01.T06:CDS
CCAACCCTTGATGTGTTGGG+AGG 0.736813 7:-68769285 MsG0780039765.01.T06:CDS
CAGTGATGAGATCATCAGGG+AGG 0.756244 7:+68770138 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TCAAATAGATTATGACATTA+TGG - Chr7:68769937-68769956 MsG0780039765.01.T06:CDS 20.0%
!! TGTAAGAATAAGAAAAACAA+AGG + Chr7:68769829-68769848 None:intergenic 20.0%
!!! CATAATCTATTTGAAGATTT+TGG + Chr7:68769931-68769950 None:intergenic 20.0%
!!! GATTTTGGTAACTAATTTTA+AGG + Chr7:68769916-68769935 None:intergenic 20.0%
!!! TATGGACATTTTTTTTCAAT+TGG - Chr7:68769955-68769974 MsG0780039765.01.T06:CDS 20.0%
!!! TTGTTTTTCTTATTCTTACA+AGG - Chr7:68769829-68769848 MsG0780039765.01.T06:CDS 20.0%
! ATATGGAAGATGAAGAAATT+TGG - Chr7:68769866-68769885 MsG0780039765.01.T06:CDS 25.0%
! CATCTTCCATATAACAAATT+CGG + Chr7:68769858-68769877 None:intergenic 25.0%
! TTATCGTTCAAGTAATAGTT+AGG + Chr7:68769254-68769273 None:intergenic 25.0%
!! GTTATTGTTTCTCTTGATTT+GGG - Chr7:68769716-68769735 MsG0780039765.01.T06:CDS 25.0%
!! TGTTATTGTTTCTCTTGATT+TGG - Chr7:68769715-68769734 MsG0780039765.01.T06:CDS 25.0%
!! TTATTGTTTCTCTTGATTTG+GGG - Chr7:68769717-68769736 MsG0780039765.01.T06:CDS 25.0%
AAAAGATTCTCTGATTTCGT+TGG - Chr7:68769272-68769291 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
AAGAGATTTAACTGGAAGAA+AGG + Chr7:68768982-68769001 None:intergenic 30.0%
AATCGTACAAGAGATTTAAC+TGG + Chr7:68768990-68769009 None:intergenic 30.0%
AATTCCAAAATAGACCTCTT+TGG + Chr7:68769138-68769157 None:intergenic 30.0%
AATTGACGAGAATGAATATG+AGG - Chr7:68769154-68769173 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
AATTTGGACTTGAAGATTCT+TGG - Chr7:68769882-68769901 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
ACCAGGACAACTAAAAAATT+TGG - Chr7:68769380-68769399 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
ATTCCAAAATAGACCTCTTT+GGG + Chr7:68769137-68769156 None:intergenic 30.0%
CATCACTACTTTATAAGTGT+CGG + Chr7:68769468-68769487 None:intergenic 30.0%
CCAGGACAACTAAAAAATTT+GGG - Chr7:68769381-68769400 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
GATGTTTGGAGAAATATTGA+AGG - Chr7:68769545-68769564 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
TCAGGTGTGTAAGTAAATAT+TGG - Chr7:68769009-68769028 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
TTAAATCTCTTGTACGATTC+AGG - Chr7:68768991-68769010 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
!! AGGAAACCGAATTTGTTATA+TGG - Chr7:68769849-68769868 MsG0780039765.01.T06:CDS 30.0%
!!! AAATTTTTTAGTTGTCCTGG+TGG + Chr7:68769381-68769400 None:intergenic 30.0%
AACATAACTACTGTGAAGAG+TGG + Chr7:68769098-68769117 None:intergenic 35.0%
AGTAAACAACGTGTAGAGTA+TGG + Chr7:68769197-68769216 None:intergenic 35.0%
ATAGTTAGGATCGACATCAA+AGG + Chr7:68769240-68769259 None:intergenic 35.0%
ATCTCAAGAGATCAGCAATA+CGG - Chr7:68769069-68769088 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
CAATTTCACGAAATCACGAT+CGG + Chr7:68769048-68769067 None:intergenic 35.0%
GAAATCACGATCGGAAATTA+GGG + Chr7:68769039-68769058 None:intergenic 35.0%
TATTGCATAGCAATCGAGAA+CGG - Chr7:68770014-68770033 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
TTCAAATGAAGAGGAAGAAC+AGG + Chr7:68769575-68769594 None:intergenic 35.0%
TTCCAAAATAGACCTCTTTG+GGG + Chr7:68769136-68769155 None:intergenic 35.0%
! ATTGTTTCTTTCTGAGGATG+GGG - Chr7:68769982-68770001 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
! CATTGTTTCTTTCTGAGGAT+GGG - Chr7:68769981-68770000 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
! CTTCATTTGAACTCTAGAGA+TGG - Chr7:68769584-68769603 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
! GTTCAACTGTGATTTTCTTG+TGG + Chr7:68769691-68769710 None:intergenic 35.0%
! TAACTTTGGGTGATGATGTT+TGG - Chr7:68769531-68769550 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
!! GAAGGTTTTGTCTTTTCGTT+TGG - Chr7:68769428-68769447 MsG0780039765.01.T06:CDS 35.0%
!! TCTCTAGAGTTCAAATGAAG+AGG + Chr7:68769584-68769603 None:intergenic 35.0%
!!! CCCAAATTTTTTAGTTGTCC+TGG + Chr7:68769384-68769403 None:intergenic 35.0%
ACATCAAAGGTGAATGACGA+CGG + Chr7:68769227-68769246 None:intergenic 40.0%
ACTTGAGTGGAACTCTTAAC+TGG - Chr7:68769618-68769637 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
AGGCAGTAAATACTGATGGT+AGG + Chr7:68769750-68769769 None:intergenic 40.0%
ATCTCAGTGATGAGATCATC+AGG + Chr7:68768954-68768973 None:intergenic 40.0%
ATTGCATAGCAATCGAGAAC+GGG - Chr7:68770015-68770034 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
CATCAGTATTTACTGCCTCA+TGG - Chr7:68769752-68769771 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
CATGAGGCAGTAAATACTGA+TGG + Chr7:68769754-68769773 None:intergenic 40.0%
CCATCCTCAGAAAGAAACAA+TGG + Chr7:68769983-68770002 None:intergenic 40.0%
CGAAATCACGATCGGAAATT+AGG + Chr7:68769040-68769059 None:intergenic 40.0%
CGATGAAAATATCCCCAAAG+AGG - Chr7:68769121-68769140 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
GGAGAGATAATCGAGTACAA+CGG - Chr7:68770056-68770075 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
TCCTTGACAGAATACCAACA+AGG + Chr7:68770130-68770149 None:intergenic 40.0%
TCCTTGTTGGTATTCTGTCA+AGG - Chr7:68770126-68770145 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
TCTCAGTGATGAGATCATCA+GGG + Chr7:68768953-68768972 None:intergenic 40.0%
TGAATTGACAAGTGAGGTGA+GGG - Chr7:68769505-68769524 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
! ATCCCCAAAGAGGTCTATTT+TGG - Chr7:68769131-68769150 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
! CCATTGTTTCTTTCTGAGGA+TGG - Chr7:68769980-68769999 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
! TTGAACTCTAGAGATGGTGT+TGG - Chr7:68769590-68769609 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
!! GAGCTAGCTATTTTCCTTGT+TGG - Chr7:68770113-68770132 MsG0780039765.01.T06:CDS 40.0%
!! TTTTAGTTGTCCTGGTGGAT+GGG + Chr7:68769376-68769395 None:intergenic 40.0%
!!! TTTTTAGTTGTCCTGGTGGA+TGG + Chr7:68769377-68769396 None:intergenic 40.0%
AGAACCAACCCTTGATGTGT+TGG - Chr7:68769796-68769815 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
CATCAAAGGTGAATGACGAC+GGG + Chr7:68769226-68769245 None:intergenic 45.0%
CGTCATGATCATTCAGCTGA+AGG - Chr7:68769410-68769429 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
GAACCAACCCTTGATGTGTT+GGG - Chr7:68769797-68769816 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
GAGAAGAATCAATCCATCGC+AGG + Chr7:68769300-68769319 None:intergenic 45.0%
GAGTGGAACTCTTAACTGGT+TGG - Chr7:68769622-68769641 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
GGCACTTCATCAAATCCATG+AGG + Chr7:68769770-68769789 None:intergenic 45.0%
GGGAAGCAACTCTCTATCAT+TGG - Chr7:68770035-68770054 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
GTGAATTGACAAGTGAGGTG+AGG - Chr7:68769504-68769523 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
GTGATGTCTCAGTGCATTCA+CGG - Chr7:68769482-68769501 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
TCACGGTGAATTGACAAGTG+AGG - Chr7:68769499-68769518 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
! GAGGTGAGGGTTCTAACTTT+GGG - Chr7:68769518-68769537 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
! TGAGGTGAGGGTTCTAACTT+TGG - Chr7:68769517-68769536 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
! TGGATTTGATGAAGTGCCAC+CGG - Chr7:68769772-68769791 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
!! ACATCAAGGGTTGGTTCTAC+CGG + Chr7:68769794-68769813 None:intergenic 45.0%
!! GGTGCCATTGTTTCTTTCTG+AGG - Chr7:68769976-68769995 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
!! GGTGTTGGTGTTTACTTGAG+TGG - Chr7:68769605-68769624 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
!! GTGTTTTTAACCCATCCACC+AGG - Chr7:68769363-68769382 MsG0780039765.01.T06:CDS 45.0%
CAGTGATGAGATCATCAGGG+AGG + Chr7:68768950-68768969 None:intergenic 50.0%
GATTTCGTTGGTACCTGCGA+TGG - Chr7:68769284-68769303 MsG0780039765.01.T06:CDS 50.0%
CCAACCCTTGATGTGTTGGG+AGG - Chr7:68769800-68769819 MsG0780039765.01.T06:CDS 55.0%
CCTCCCAACACATCAAGGGT+TGG + Chr7:68769803-68769822 None:intergenic 55.0%
GCAGCCTCCCAACACATCAA+GGG + Chr7:68769807-68769826 None:intergenic 55.0%
!! TCAAGGGTTGGTTCTACCGG+TGG + Chr7:68769791-68769810 None:intergenic 55.0%
GGCAGCCTCCCAACACATCA+AGG + Chr7:68769808-68769827 None:intergenic 60.0%
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>MsG0780039765.01.T02

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>MsG0780039765.01.T03

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Protein sequence

>MsG0780039765.01.T01

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