AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034220.01

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MsG0680034220.01.T06 AT4G12560 29.431 299 175 13 46 329 91 368 2.29e-17 83.2
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Find 82 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 102 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TCCAAGCAATCCTCTATAAT+TGG 0.249351 6:-83878733 MsG0680034220.01.T05:CDS
ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG 0.255945 6:-83878893 MsG0680034220.01.T05:CDS
TGCCCATGAATAAAATATTT+AGG 0.271115 6:-83879345 MsG0680034220.01.T05:CDS
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TGTGATCATCTCCCTTGATT+TGG 0.339176 6:-83879044 MsG0680034220.01.T05:CDS
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AAAATATTTAGGTTCGGGTT+TGG 0.393249 6:-83879334 MsG0680034220.01.T05:CDS
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TCTTACCATCACCACCTTGT+AGG 0.422233 6:+83879291 None:intergenic
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GGATGGTGGCGCTGGAGATC+AGG 0.440122 6:-83879257 MsG0680034220.01.T05:CDS
AAGAGGAACTTACTTTCAAC+AGG 0.440668 6:+83878620 None:intergenic
TGAGATGTGTAAGTAAGTTA+TGG 0.442455 6:-83879717 MsG0680034220.01.T05:CDS
TTAAAAGTACCTATAGAATT+CGG 0.452489 6:-83878688 MsG0680034220.01.T05:CDS
TCGAATCCCATCACACGTAC+TGG 0.460762 6:-83879544 MsG0680034220.01.T05:CDS
TGCAGGTTATGTTCGTCGAT+TGG 0.465992 6:-83878813 MsG0680034220.01.T05:CDS
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ATTATGTTGAAAGTTTGGTT+TGG 0.485160 6:-83878649 MsG0680034220.01.T05:CDS
CGATTTCCAGTACGTGTGAT+GGG 0.493972 6:+83879538 None:intergenic
CATAATCTTCAAATAGATGC+AGG 0.503038 6:-83878830 MsG0680034220.01.T05:CDS
ATGTCTCTTTCGCCAAATCA+AGG 0.506031 6:+83879032 None:intergenic
AAGTAATAGTATTTGTTGGT+TGG 0.508492 6:-83879101 MsG0680034220.01.T05:CDS
GGGATTGTTGGTTCATGCAA+TGG 0.508999 6:-83879484 MsG0680034220.01.T05:CDS
GGTTTCGTTTAGATAGCTGC+AGG 0.509218 6:+83879656 None:intergenic
AACAATCCCACGACACTGAT+GGG 0.511832 6:+83879498 None:intergenic
CTAATATTGACAATCAATAG+TGG 0.514125 6:-83878758 MsG0680034220.01.T05:CDS
CAACAATCCCACGACACTGA+TGG 0.526580 6:+83879497 None:intergenic
CAGCAAACGACTCACAGAGA+TGG 0.529762 6:+83879576 None:intergenic
AGCAAACGACTCACAGAGAT+GGG 0.532517 6:+83879577 None:intergenic
TTCCATGCCCATCAGTGTCG+TGG 0.535872 6:-83879505 MsG0680034220.01.T05:CDS
GAAATTCATCACAACATTGA+GGG 0.540147 6:+83878993 None:intergenic
CTATAAAACACTACTTCCAC+AGG 0.548193 6:+83879172 None:intergenic
CAATGTCAAAATCTGTTACT+GGG 0.548504 6:-83879387 MsG0680034220.01.T05:CDS
CAAATAGTTTGATTATCAAG+TGG 0.553293 6:+83878971 None:intergenic
TGAATACGCGGGTGTATATG+CGG 0.557663 6:-83879134 MsG0680034220.01.T05:CDS
TCCATGCCCATCAGTGTCGT+GGG 0.562404 6:-83879504 MsG0680034220.01.T05:CDS
GGAAATTCATCACAACATTG+AGG 0.563077 6:+83878992 None:intergenic
TCAATCCCCGGTAATTCTCC+CGG 0.563772 6:-83879794 MsG0680034220.01.T05:CDS
ACGATTTCCAGTACGTGTGA+TGG 0.569198 6:+83879537 None:intergenic
AATTTGGAGTTGAAGAGTCG+TGG 0.573396 6:-83878877 MsG0680034220.01.T05:CDS
TGACACCTACAAGGTGGTGA+TGG 0.579607 6:-83879296 MsG0680034220.01.T05:CDS
GTTCGTCCGGGAGAATTACC+GGG 0.579968 6:+83879788 None:intergenic
TTTCAGTAATAAGTTCGTCC+GGG 0.584133 6:+83879776 None:intergenic
GAATACGCGGGTGTATATGC+GGG 0.586000 6:-83879133 MsG0680034220.01.T05:CDS
TCCCACGACACTGATGGGCA+TGG 0.586204 6:+83879503 None:intergenic
TTATTACTGAAATACTGTCA+CGG 0.589770 6:-83879765 MsG0680034220.01.T05:CDS
AATTCGGTGGCATAGTGCTA+AGG 0.594253 6:-83878672 MsG0680034220.01.T05:CDS
TAATTCAACTGACACCTACA+AGG 0.598413 6:-83879305 MsG0680034220.01.T05:CDS
TCATGAACATCGTCAATCCC+CGG 0.604372 6:-83879806 MsG0680034220.01.T05:CDS
TGTCTCTTTCGCCAAATCAA+GGG 0.607704 6:+83879033 None:intergenic
TGTTGTCCATTTGAAGTGCG+AGG 0.615704 6:+83879629 None:intergenic
AAACAAGTAAATCATCGAAG+AGG 0.625850 6:+83878603 None:intergenic
ACAACAAATCTATAGAACAC+TGG 0.630850 6:-83879432 MsG0680034220.01.T05:CDS
CACCCGCGTATTCATCTGAA+CGG 0.644453 6:+83879143 None:intergenic
TGAACAGGAGTACTTCACAC+GGG 0.653785 6:+83879843 None:intergenic
ACTCACAGAGATGGGTGCAA+CGG 0.664000 6:+83879585 None:intergenic
AAAGTACCTATAGAATTCGG+TGG 0.672338 6:-83878685 MsG0680034220.01.T05:CDS
GGCCGTTCAGATGAATACGC+GGG 0.673514 6:-83879145 MsG0680034220.01.T05:CDS
TTCGTCCGGGAGAATTACCG+GGG 0.676509 6:+83879789 None:intergenic
TTGAACAGGAGTACTTCACA+CGG 0.685903 6:+83879842 None:intergenic
TGGCCGTTCAGATGAATACG+CGG 0.701331 6:-83879146 MsG0680034220.01.T05:CDS
CCATTATCAGAAAGACACAA+TGG 0.702985 6:+83878788 None:intergenic
GAACAGGAGTACTTCACACG+GGG 0.705040 6:+83879844 None:intergenic
TTCAACTGACACCTACAAGG+TGG 0.736558 6:-83879302 MsG0680034220.01.T05:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAAAAACTTATTTTGTTATA+TGG - Chr6:83879553-83879572 MsG0680034220.01.T05:CDS 10.0%
!! ATTTAAGTAATAGTATTTGT+TGG - Chr6:83879358-83879377 MsG0680034220.01.T05:CDS 15.0%
!!! AACCTAAATATTTTATTCAT+GGG + Chr6:83879123-83879142 None:intergenic 15.0%
!!! ATGAATAAAATATTTAGGTT+CGG - Chr6:83879123-83879142 MsG0680034220.01.T05:CDS 15.0%
!!! GATTATGATAACTAATTTTA+AGG + Chr6:83879620-83879639 None:intergenic 15.0%
!! TATTATCTTTCCAATTATAG+AGG + Chr6:83879743-83879762 None:intergenic 20.0%
!!! GAACCTAAATATTTTATTCA+TGG + Chr6:83879124-83879143 None:intergenic 20.0%
!!! GATGGTAAGATTTTTTTTTA+GGG - Chr6:83879185-83879204 MsG0680034220.01.T05:CDS 20.0%
!!! TGAATAAAATATTTAGGTTC+GGG - Chr6:83879124-83879143 MsG0680034220.01.T05:CDS 20.0%
!!! TGATGGTAAGATTTTTTTTT+AGG - Chr6:83879184-83879203 MsG0680034220.01.T05:CDS 20.0%
!!! TTAAAAGTACCTATAGAATT+CGG - Chr6:83879775-83879794 MsG0680034220.01.T05:CDS 20.0%
! ATTATGTTGAAAGTTTGGTT+TGG - Chr6:83879814-83879833 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
! CAAATAGTTTGATTATCAAG+TGG + Chr6:83879495-83879514 None:intergenic 25.0%
! CTAATATTGACAATCAATAG+TGG - Chr6:83879705-83879724 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
! TAAGGATTATGTTGAAAGTT+TGG - Chr6:83879809-83879828 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
! TGCCCATGAATAAAATATTT+AGG - Chr6:83879118-83879137 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
! TGGAAAGATAATACACTAAA+AGG - Chr6:83879750-83879769 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
! TTATTACTGAAATACTGTCA+CGG - Chr6:83878698-83878717 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
!! AAGTAATAGTATTTGTTGGT+TGG - Chr6:83879362-83879381 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
!!! GTAAGATTTTTTTTTAGGGA+TGG - Chr6:83879189-83879208 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
!!! TTTTGTTATATGGCAAATGA+AGG - Chr6:83879563-83879582 MsG0680034220.01.T05:CDS 25.0%
AAACAAGTAAATCATCGAAG+AGG + Chr6:83879863-83879882 None:intergenic 30.0%
ACAACAAATCTATAGAACAC+TGG - Chr6:83879031-83879050 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
ACAATGTCAAAATCTGTTAC+TGG - Chr6:83879075-83879094 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG - Chr6:83879570-83879589 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
ATTTCAGTAATAAGTTCGTC+CGG + Chr6:83878691-83878710 None:intergenic 30.0%
CAATGTCAAAATCTGTTACT+GGG - Chr6:83879076-83879095 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
CATAATCTTCAAATAGATGC+AGG - Chr6:83879633-83879652 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
GAAATTCATCACAACATTGA+GGG + Chr6:83879473-83879492 None:intergenic 30.0%
TCAAACTATTTGTGTGTTGA+TGG - Chr6:83879503-83879522 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
TCACTTTGGGTGATAATATT+TGG - Chr6:83879250-83879269 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
TGAGATGTGTAAGTAAGTTA+TGG - Chr6:83878746-83878765 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
! AAAATATTTAGGTTCGGGTT+TGG - Chr6:83879129-83879148 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
! GAAGTAGTGTTTTATAGTCA+TGG - Chr6:83879297-83879316 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
!! AGTAACAGATTTTGACATTG+TGG + Chr6:83879076-83879095 None:intergenic 30.0%
!!! AGATTTTTTTTTAGGGATGG+TGG - Chr6:83879192-83879211 MsG0680034220.01.T05:CDS 30.0%
AAGAGGAACTTACTTTCAAC+AGG + Chr6:83879846-83879865 None:intergenic 35.0%
AGAATTTGCGAGATTTGAAC+AGG + Chr6:83878638-83878657 None:intergenic 35.0%
CAAATGGACAACAGATGTTT+CGG - Chr6:83878844-83878863 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
CCATTATCAGAAAGACACAA+TGG + Chr6:83879678-83879697 None:intergenic 35.0%
CCATTGTGTCTTTCTGATAA+TGG - Chr6:83879675-83879694 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
CTATAAAACACTACTTCCAC+AGG + Chr6:83879294-83879313 None:intergenic 35.0%
GGAAATTCATCACAACATTG+AGG + Chr6:83879474-83879493 None:intergenic 35.0%
TAATTCAACTGACACCTACA+AGG - Chr6:83879158-83879177 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
TATCACCCAAAGTGAAAACT+TGG + Chr6:83879245-83879264 None:intergenic 35.0%
TCCAAGCAATCCTCTATAAT+TGG - Chr6:83879730-83879749 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
TCCAATTATAGAGGATTGCT+TGG + Chr6:83879734-83879753 None:intergenic 35.0%
TTTCAGTAATAAGTTCGTCC+GGG + Chr6:83878690-83878709 None:intergenic 35.0%
! AAAGTACCTATAGAATTCGG+TGG - Chr6:83879778-83879797 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
! ACTGTCCAAGTTTTCACTTT+GGG - Chr6:83879237-83879256 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
! AGATATTCAGAGTTTTCCTG+TGG - Chr6:83879275-83879294 MsG0680034220.01.T05:CDS 35.0%
ACTATGCCACCGAATTCTAT+AGG + Chr6:83879787-83879806 None:intergenic 40.0%
ATGTCTCTTTCGCCAAATCA+AGG + Chr6:83879434-83879453 None:intergenic 40.0%
TGTCTCTTTCGCCAAATCAA+GGG + Chr6:83879433-83879452 None:intergenic 40.0%
TGTGATCATCTCCCTTGATT+TGG - Chr6:83879419-83879438 MsG0680034220.01.T05:CDS 40.0%
! AATTTGGAGTTGAAGAGTCG+TGG - Chr6:83879586-83879605 MsG0680034220.01.T05:CDS 40.0%
! CACTGTCCAAGTTTTCACTT+TGG - Chr6:83879236-83879255 MsG0680034220.01.T05:CDS 40.0%
!! ACAGATTTTGACATTGTGGC+TGG + Chr6:83879072-83879091 None:intergenic 40.0%
!! CAGATTTTGACATTGTGGCT+GGG + Chr6:83879071-83879090 None:intergenic 40.0%
!! TAGAACACTGGTTCTGTTTC+TGG - Chr6:83879043-83879062 MsG0680034220.01.T05:CDS 40.0%
!! TTGAACAGGAGTACTTCACA+CGG + Chr6:83878624-83878643 None:intergenic 40.0%
AACAATCCCACGACACTGAT+GGG + Chr6:83878968-83878987 None:intergenic 45.0%
ACGATTTCCAGTACGTGTGA+TGG + Chr6:83878929-83878948 None:intergenic 45.0%
AGCAAACGACTCACAGAGAT+GGG + Chr6:83878889-83878908 None:intergenic 45.0%
CGATTTCCAGTACGTGTGAT+GGG + Chr6:83878928-83878947 None:intergenic 45.0%
GGTTTCGTTTAGATAGCTGC+AGG + Chr6:83878810-83878829 None:intergenic 45.0%
TCATGAACATCGTCAATCCC+CGG - Chr6:83878657-83878676 MsG0680034220.01.T05:CDS 45.0%
TCTTACCATCACCACCTTGT+AGG + Chr6:83879175-83879194 None:intergenic 45.0%
TGAATACGCGGGTGTATATG+CGG - Chr6:83879329-83879348 MsG0680034220.01.T05:CDS 45.0%
TGCAGGTTATGTTCGTCGAT+TGG - Chr6:83879650-83879669 MsG0680034220.01.T05:CDS 45.0%
TTCAACTGACACCTACAAGG+TGG - Chr6:83879161-83879180 MsG0680034220.01.T05:CDS 45.0%
! AATTCGGTGGCATAGTGCTA+AGG - Chr6:83879791-83879810 MsG0680034220.01.T05:CDS 45.0%
! TCCATTTGAAGTGCGAGGTT+CGG + Chr6:83878832-83878851 None:intergenic 45.0%
! TGTTGTCCATTTGAAGTGCG+AGG + Chr6:83878837-83878856 None:intergenic 45.0%
!! AGGTGCATTTTGACGAAGGT+GGG + Chr6:83878790-83878809 None:intergenic 45.0%
!! GGGATTGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr6:83878979-83878998 MsG0680034220.01.T05:CDS 45.0%
!! TGAACAGGAGTACTTCACAC+GGG + Chr6:83878623-83878642 None:intergenic 45.0%
ACTCACAGAGATGGGTGCAA+CGG + Chr6:83878881-83878900 None:intergenic 50.0%
AGTTCGTCCGGGAGAATTAC+CGG + Chr6:83878679-83878698 None:intergenic 50.0%
CAACAATCCCACGACACTGA+TGG + Chr6:83878969-83878988 None:intergenic 50.0%
CACCCGCGTATTCATCTGAA+CGG + Chr6:83879323-83879342 None:intergenic 50.0%
CAGCAAACGACTCACAGAGA+TGG + Chr6:83878890-83878909 None:intergenic 50.0%
CATCAGTGTCGTGGGATTGT+TGG - Chr6:83878967-83878986 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
GAATACGCGGGTGTATATGC+GGG - Chr6:83879330-83879349 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
TCAATCCCCGGTAATTCTCC+CGG - Chr6:83878669-83878688 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
TCGAATCCCATCACACGTAC+TGG - Chr6:83878919-83878938 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
TGACACCTACAAGGTGGTGA+TGG - Chr6:83879167-83879186 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
TGGCCGTTCAGATGAATACG+CGG - Chr6:83879317-83879336 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
! CCATTTGAAGTGCGAGGTTC+GGG + Chr6:83878831-83878850 None:intergenic 50.0%
!! CAGGTGCATTTTGACGAAGG+TGG + Chr6:83878791-83878810 None:intergenic 50.0%
!! CTGCAGGTGCATTTTGACGA+AGG + Chr6:83878794-83878813 None:intergenic 50.0%
!! GAACAGGAGTACTTCACACG+GGG + Chr6:83878622-83878641 None:intergenic 50.0%
!!! TTTTTTAGGGATGGTGGCGC+TGG - Chr6:83879198-83879217 MsG0680034220.01.T05:CDS 50.0%
CCCGAACCTCGCACTTCAAA+TGG - Chr6:83878828-83878847 MsG0680034220.01.T05:CDS 55.0%
GGCCGTTCAGATGAATACGC+GGG - Chr6:83879318-83879337 MsG0680034220.01.T05:CDS 55.0%
GTTCGTCCGGGAGAATTACC+GGG + Chr6:83878678-83878697 None:intergenic 55.0%
TCCATGCCCATCAGTGTCGT+GGG - Chr6:83878959-83878978 MsG0680034220.01.T05:CDS 55.0%
TTCCATGCCCATCAGTGTCG+TGG - Chr6:83878958-83878977 MsG0680034220.01.T05:CDS 55.0%
TTCGTCCGGGAGAATTACCG+GGG + Chr6:83878677-83878696 None:intergenic 55.0%
! ACTTCACACGGGGCAGCTTT+TGG + Chr6:83878612-83878631 None:intergenic 55.0%
! TCCCACGACACTGATGGGCA+TGG + Chr6:83878963-83878982 None:intergenic 60.0%
! GGATGGTGGCGCTGGAGATC+AGG - Chr6:83879206-83879225 MsG0680034220.01.T05:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 83878601 83879884 83878601 ID=MsG0680034220.01;Name=MsG0680034220.01
Chr6 mRNA 83878601 83879884 83878601 ID=MsG0680034220.01.T01;Parent=MsG0680034220.01;Name=MsG0680034220.01.T01;_AED=0.07;_eAED=0.07;_QI=0|0|0|1|0|0|4|0|386
Chr6 exon 83879572 83879884 83879572 ID=MsG0680034220.01.T01:exon:19484;Parent=MsG0680034220.01.T01
Chr6 exon 83879297 83879541 83879297 ID=MsG0680034220.01.T01:exon:19485;Parent=MsG0680034220.01.T01
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