AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038776.01

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MsG0780038776.01.T02 AT4G12560 24.873 394 241 16 12 384 4 363 5.54e-14 73.6
MsG0780038776.01.T02 AT4G12560 24.873 394 241 16 12 384 4 363 5.54e-14 73.6
MsG0780038776.01.T02 AT1G11270 25.086 291 175 11 11 290 34 292 2.85e-13 70.5
MsG0780038776.01.T02 AT1G11270 25.086 291 175 11 11 290 34 292 2.85e-13 70.5
MsG0780038776.01.T02 AT1G33530 25.574 305 186 10 12 312 97 364 2.56e-12 68.6
MsG0780038776.01.T02 AT2G16220 27.138 269 162 10 11 269 5 249 2.87e-12 68.2
MsG0780038776.01.T02 AT2G27520 22.663 353 196 13 12 349 6 296 6.25e-12 66.6
MsG0780038776.01.T02 AT2G07140 25.874 286 173 13 12 283 6 266 8.24e-12 66.6
MsG0780038776.01.T02 AT2G07140 25.874 286 173 13 12 283 6 266 9.99e-12 66.6
MsG0780038776.01.T02 AT3G22730 25.177 282 173 13 10 286 4 252 5.29e-11 63.9
MsG0780038776.01.T01 AT3G06240 23.134 402 211 15 3 343 55 419 2.18e-14 74.3
MsG0780038776.01.T01 AT3G23880 23.986 296 180 9 1 276 31 301 2.46e-12 67.8

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Find 93 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG 0.197057 7:-52915874 MsG0780038776.01.T01:CDS
TAATTTAACATCCACATTTA+AGG 0.197670 7:-52916105 MsG0780038776.01.T01:CDS
CAGTATACTTACTGCTAAAA+AGG 0.293976 7:+52916162 None:intergenic
GAGATGCATGGCTTCAGTTT+TGG 0.295716 7:-52916229 MsG0780038776.01.T01:CDS
ACTTTAACAATCAGTTCTTT+TGG 0.310782 7:+52916626 None:intergenic
ACATAATTCATGAGTGTATT+GGG 0.310913 7:+52915504 None:intergenic
GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG 0.334905 7:-52915873 MsG0780038776.01.T01:CDS
AACATAATTCATGAGTGTAT+TGG 0.342025 7:+52915503 None:intergenic
AGGACAAGGTCTGAAAAGTT+AGG 0.346078 7:-52916194 MsG0780038776.01.T01:CDS
TCAGACCTTGTCCTTGTGGA+TGG 0.352161 7:+52916203 None:intergenic
TCAGTTTGGGTGAAAACATT+TGG 0.355588 7:-52916028 MsG0780038776.01.T01:CDS
AATCTTCAAATTGATTACTT+TGG 0.372449 7:-52915657 MsG0780038776.01.T01:CDS
ATATATTATGAATTTACATT+TGG 0.377288 7:-52916134 MsG0780038776.01.T01:CDS
TATCAATGTCACCGACAATA+AGG 0.378868 7:+52916336 None:intergenic
CATGAATTATGTTGAAAGCT+TGG 0.392336 7:-52915493 MsG0780038776.01.T01:CDS
CTTCAAATTGATTACTTTGG+AGG 0.399288 7:-52915654 MsG0780038776.01.T01:CDS
ATTTGAGTGGAACACTTAAT+TGG 0.401762 7:-52915938 MsG0780038776.01.T01:CDS
CAGACCTTGTCCTTGTGGAT+GGG 0.423588 7:+52916204 None:intergenic
CGTATTGTTGGTTCATGCAA+TGG 0.440730 7:-52916293 MsG0780038776.01.T01:intron
AATGGCACCAAATAAAATAT+CGG 0.448132 7:+52915630 None:intergenic
CCATTCAACACGCTGATAGT+TGG 0.453162 7:+52915789 None:intergenic
ATATTTGTTAACAGAATCAA+TGG 0.453540 7:+52915896 None:intergenic
AAGTAAATTGCGCACGGGGA+AGG 0.460495 7:+52916397 None:intergenic
CCAACTATCAGCGTGTTGAA+TGG 0.487654 7:-52915789 MsG0780038776.01.T01:CDS
AGTAAATTGCGCACGGGGAA+GGG 0.501138 7:+52916398 None:intergenic
ATCAATGGGAAAGTCGAAAA+CGG 0.504178 7:+52915911 None:intergenic
GGACAAGGTCTGAAAAGTTA+GGG 0.504946 7:-52916193 MsG0780038776.01.T01:CDS
CCCTTCAATTTCCCTTGATG+AGG 0.507381 7:-52916369 MsG0780038776.01.T01:CDS
AGAAAACTCCGCGACTGAGA+TGG 0.525548 7:+52916650 None:intergenic
AATGTAAATTCATAATATAT+CGG 0.527037 7:+52916137 None:intergenic
TGCAAGCACCGTAGAGGACC+AGG 0.529495 7:-52915574 MsG0780038776.01.T01:CDS
GATTTCGTGCAGATTGTTGA+AGG 0.532168 7:+52916507 None:intergenic
TCTTAGTAGTGACTAATGCT+AGG 0.536874 7:+52916480 None:intergenic
ATTCGCATCATAGACTTCAC+TGG 0.539014 7:+52916590 None:intergenic
CATTATGTTGTGTATTTGAG+TGG 0.541942 7:-52915951 MsG0780038776.01.T01:CDS
TCCTCATCAAGGGAAATTGA+AGG 0.542959 7:+52916368 None:intergenic
TCGTATTATAGAGAATTGCC+TGG 0.544630 7:+52915556 None:intergenic
GAGTGGAACACTTAATTGGT+TGG 0.546545 7:-52915934 MsG0780038776.01.T01:CDS
ATGATGCGAATGAGGTGCTT+GGG 0.549595 7:-52916578 MsG0780038776.01.T01:CDS
GGTAGTGAGGATCCTCATCA+AGG 0.551046 7:+52916357 None:intergenic
TCATAACTAATTTGAAGCAG+TGG 0.551827 7:+52915681 None:intergenic
TCAAATACACAACATAATGC+TGG 0.554955 7:+52915955 None:intergenic
GATCCTCACTACCTTATTGT+CGG 0.559225 7:-52916347 MsG0780038776.01.T01:intron
GAGAATTGCCTGGTCCTCTA+CGG 0.562397 7:+52915566 None:intergenic
TAATCACTACTAACATTGAG+AGG 0.565315 7:-52916427 MsG0780038776.01.T01:CDS
TAACATCACTACCTTAAATG+TGG 0.573548 7:+52916094 None:intergenic
TTGTCAAGTAAATTGCGCAC+GGG 0.577965 7:+52916392 None:intergenic
ACACAGATGCGGCTGCCTCA+AGG 0.578372 7:-52915837 MsG0780038776.01.T01:CDS
GGTGCCATTGCATCTTTCAG+AGG 0.578672 7:-52915616 MsG0780038776.01.T01:CDS
TGTTAGTAGTGATTAGTGCT+AGG 0.583408 7:+52916435 None:intergenic
CATAGACTTCACTGGAAGGA+GGG 0.584152 7:+52916598 None:intergenic
CAATCCTCTGAAAGATGCAA+TGG 0.585546 7:+52915612 None:intergenic
TATTTGTTAACAGAATCAAT+GGG 0.593210 7:+52915897 None:intergenic
TATGATGCGAATGAGGTGCT+TGG 0.595709 7:-52916579 MsG0780038776.01.T01:CDS
GTTGTCAAGTAAATTGCGCA+CGG 0.596421 7:+52916391 None:intergenic
GGAACCCATCCACAAGGACA+AGG 0.602403 7:-52916208 MsG0780038776.01.T01:CDS
GTAGTGAGGATCCTCATCAA+GGG 0.605009 7:+52916358 None:intergenic
CGAAGATAGGATCAACAAAG+AGG 0.610244 7:+52916540 None:intergenic
CGTACGTTGAACACTTGAAG+AGG 0.610962 7:+52915978 None:intergenic
AACACTTGAAGAGGAACCGC+GGG 0.612378 7:+52915987 None:intergenic
TCATAGACTTCACTGGAAGG+AGG 0.615443 7:+52916597 None:intergenic
AAACTCCGCGACTGAGATGG+AGG 0.625584 7:+52916653 None:intergenic
CCTCATCAAGGGAAATTGAA+GGG 0.626108 7:+52916369 None:intergenic
GTAGTGATTAGTGCTAGGTG+AGG 0.631079 7:+52916440 None:intergenic
TGAAGTCTATGATGCGAATG+AGG 0.632162 7:-52916586 MsG0780038776.01.T02:CDS
TGTCAAGTAAATTGCGCACG+GGG 0.634203 7:+52916393 None:intergenic
GAAGATAGGATCAACAAAGA+GGG 0.637979 7:+52916541 None:intergenic
GACAATTTATCAAAACCTTG+AGG 0.640166 7:+52915822 None:intergenic
AATCACTACTAACATTGAGA+GGG 0.648021 7:-52916426 MsG0780038776.01.T01:CDS
GTAGTGACTAATGCTAGGTG+TGG 0.648344 7:+52916485 None:intergenic
AAATATAACAAATTTACCCG+CGG 0.651482 7:-52916003 MsG0780038776.01.T01:CDS
CACGTGGGTATCGAGATGCA+TGG 0.652261 7:-52916241 MsG0780038776.01.T01:CDS
GCATCATAGACTTCACTGGA+AGG 0.656205 7:+52916594 None:intergenic
TCACCGACAATAAGGTAGTG+AGG 0.662737 7:+52916344 None:intergenic
ATTTGCCTCCATCTCAGTCG+CGG 0.669641 7:-52916658 MsG0780038776.01.T02:CDS
GATACTTGCAAGCACCGTAG+AGG 0.678484 7:-52915580 MsG0780038776.01.T01:CDS
CTGAGACATACACACAGATG+CGG 0.690503 7:-52915848 MsG0780038776.01.T01:CDS
GAACACTTGAAGAGGAACCG+CGG 0.723582 7:+52915986 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATGTAAATTCATAATATAT+CGG + Chr7:52916007-52916026 None:intergenic 10.0%
!! ATATATTATGAATTTACATT+TGG - Chr7:52916007-52916026 MsG0780038776.01.T01:CDS 10.0%
!! AATCTTCAAATTGATTACTT+TGG - Chr7:52916484-52916503 MsG0780038776.01.T01:CDS 20.0%
!! TAATTTAACATCCACATTTA+AGG - Chr7:52916036-52916055 MsG0780038776.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATATTTGTTAACAGAATCAA+TGG + Chr7:52916248-52916267 None:intergenic 20.0%
!!! TATTTGTTAACAGAATCAAT+GGG + Chr7:52916247-52916266 None:intergenic 20.0%
! AAATATAACAAATTTACCCG+CGG - Chr7:52916138-52916157 MsG0780038776.01.T01:CDS 25.0%
! AACATAATTCATGAGTGTAT+TGG + Chr7:52916641-52916660 None:intergenic 25.0%
! AATGGCACCAAATAAAATAT+CGG + Chr7:52916514-52916533 None:intergenic 25.0%
! ACATAATTCATGAGTGTATT+GGG + Chr7:52916640-52916659 None:intergenic 25.0%
! GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG - Chr7:52916268-52916287 MsG0780038776.01.T01:CDS 25.0%
! TCACATCATATGAAAAAGAA+AGG + Chr7:52916381-52916400 None:intergenic 25.0%
! TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG - Chr7:52916267-52916286 MsG0780038776.01.T01:CDS 25.0%
!! ACTTTAACAATCAGTTCTTT+TGG + Chr7:52915518-52915537 None:intergenic 25.0%
!! CTTTAACAATCAGTTCTTTT+GGG + Chr7:52915517-52915536 None:intergenic 25.0%
!!! TCATTTTTACTTATTCACGT+GGG - Chr7:52915885-52915904 MsG0780038776.01.T01:CDS 25.0%
AATCACTACTAACATTGAGA+GGG - Chr7:52915715-52915734 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
ATTTGAGTGGAACACTTAAT+TGG - Chr7:52916203-52916222 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
CAGTATACTTACTGCTAAAA+AGG + Chr7:52915982-52916001 None:intergenic 30.0%
CATGAATTATGTTGAAAGCT+TGG - Chr7:52916648-52916667 MsG0780038776.01.T02:CDS 30.0%
CATTATGTTGTGTATTTGAG+TGG - Chr7:52916190-52916209 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
CTTCAAATTGATTACTTTGG+AGG - Chr7:52916487-52916506 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
GACAATTTATCAAAACCTTG+AGG + Chr7:52916322-52916341 None:intergenic 30.0%
TAACATCACTACCTTAAATG+TGG + Chr7:52916050-52916069 None:intergenic 30.0%
TAATCACTACTAACATTGAG+AGG - Chr7:52915714-52915733 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
TCAAATACACAACATAATGC+TGG + Chr7:52916189-52916208 None:intergenic 30.0%
! TCATAACTAATTTGAAGCAG+TGG + Chr7:52916463-52916482 None:intergenic 30.0%
!! CTCATTTTTACTTATTCACG+TGG - Chr7:52915884-52915903 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
!! CTTTTTAGCAGTAAGTATAC+TGG - Chr7:52915980-52915999 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
!!! AGCAGACTCATTTTGTTTTA+TGG - Chr7:52916401-52916420 MsG0780038776.01.T01:CDS 30.0%
ATCAATGGGAAAGTCGAAAA+CGG + Chr7:52916233-52916252 None:intergenic 35.0%
GAAGATAGGATCAACAAAGA+GGG + Chr7:52915603-52915622 None:intergenic 35.0%
TATCAATGTCACCGACAATA+AGG + Chr7:52915808-52915827 None:intergenic 35.0%
TCAGTTTGGGTGAAAACATT+TGG - Chr7:52916113-52916132 MsG0780038776.01.T01:CDS 35.0%
TCGTATTATAGAGAATTGCC+TGG + Chr7:52916588-52916607 None:intergenic 35.0%
TCTAACGTTCATCGTATTGT+TGG - Chr7:52915836-52915855 MsG0780038776.01.T01:CDS 35.0%
TCTTAGTAGTGACTAATGCT+AGG + Chr7:52915664-52915683 None:intergenic 35.0%
TGTTAGTAGTGATTAGTGCT+AGG + Chr7:52915709-52915728 None:intergenic 35.0%
! AGAGACGAAAGTTTTCAGTT+TGG - Chr7:52916099-52916118 MsG0780038776.01.T01:intron 35.0%
! GAGACGAAAGTTTTCAGTTT+GGG - Chr7:52916100-52916119 MsG0780038776.01.T01:intron 35.0%
! TGGAGGTCCGATATTTTATT+TGG - Chr7:52916504-52916523 MsG0780038776.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATTTTAGAGTCGTAGAGTCT+TGG - Chr7:52916434-52916453 MsG0780038776.01.T01:CDS 35.0%
AGGACAAGGTCTGAAAAGTT+AGG - Chr7:52915947-52915966 MsG0780038776.01.T01:CDS 40.0%
ATTCGCATCATAGACTTCAC+TGG + Chr7:52915554-52915573 None:intergenic 40.0%
CCTCATCAAGGGAAATTGAA+GGG + Chr7:52915775-52915794 None:intergenic 40.0%
CGAAGATAGGATCAACAAAG+AGG + Chr7:52915604-52915623 None:intergenic 40.0%
GAGTGGAACACTTAATTGGT+TGG - Chr7:52916207-52916226 MsG0780038776.01.T01:CDS 40.0%
GATCCTCACTACCTTATTGT+CGG - Chr7:52915794-52915813 MsG0780038776.01.T01:CDS 40.0%
GATTTCGTGCAGATTGTTGA+AGG + Chr7:52915637-52915656 None:intergenic 40.0%
GGACAAGGTCTGAAAAGTTA+GGG - Chr7:52915948-52915967 MsG0780038776.01.T01:CDS 40.0%
GTTGTCAAGTAAATTGCGCA+CGG + Chr7:52915753-52915772 None:intergenic 40.0%
TCCTCATCAAGGGAAATTGA+AGG + Chr7:52915776-52915795 None:intergenic 40.0%
TGAAGTCTATGATGCGAATG+AGG - Chr7:52915555-52915574 MsG0780038776.01.T01:CDS 40.0%
TTGTCAAGTAAATTGCGCAC+GGG + Chr7:52915752-52915771 None:intergenic 40.0%
! CAATCCTCTGAAAGATGCAA+TGG + Chr7:52916532-52916551 None:intergenic 40.0%
!! AGGTGCATTTTGACGAAGAT+AGG + Chr7:52915617-52915636 None:intergenic 40.0%
!! CGTATTGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr7:52915848-52915867 MsG0780038776.01.T01:CDS 40.0%
CATAGACTTCACTGGAAGGA+GGG + Chr7:52915546-52915565 None:intergenic 45.0%
CCAACTATCAGCGTGTTGAA+TGG - Chr7:52916352-52916371 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
CCATTCAACACGCTGATAGT+TGG + Chr7:52916355-52916374 None:intergenic 45.0%
CCCTTCAATTTCCCTTGATG+AGG - Chr7:52915772-52915791 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
CGTACGTTGAACACTTGAAG+AGG + Chr7:52916166-52916185 None:intergenic 45.0%
CTGAGACATACACACAGATG+CGG - Chr7:52916293-52916312 MsG0780038776.01.T01:intron 45.0%
GCATCATAGACTTCACTGGA+AGG + Chr7:52915550-52915569 None:intergenic 45.0%
GTAGTGACTAATGCTAGGTG+TGG + Chr7:52915659-52915678 None:intergenic 45.0%
GTAGTGAGGATCCTCATCAA+GGG + Chr7:52915786-52915805 None:intergenic 45.0%
GTAGTGATTAGTGCTAGGTG+AGG + Chr7:52915704-52915723 None:intergenic 45.0%
TCACCGACAATAAGGTAGTG+AGG + Chr7:52915800-52915819 None:intergenic 45.0%
TCATAGACTTCACTGGAAGG+AGG + Chr7:52915547-52915566 None:intergenic 45.0%
TGTCAAGTAAATTGCGCACG+GGG + Chr7:52915751-52915770 None:intergenic 45.0%
! ATGATGCGAATGAGGTGCTT+GGG - Chr7:52915563-52915582 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
! CTTTTCAGACCTTGTCCTTG+TGG + Chr7:52915945-52915964 None:intergenic 45.0%
! GAGATGCATGGCTTCAGTTT+TGG - Chr7:52915912-52915931 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
! TATGATGCGAATGAGGTGCT+TGG - Chr7:52915562-52915581 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
!! GTCGGTGACATTGATAACGA+AGG - Chr7:52915812-52915831 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGTTTTGGAACCCATCCACA+AGG - Chr7:52915927-52915946 MsG0780038776.01.T01:CDS 45.0%
AACACTTGAAGAGGAACCGC+GGG + Chr7:52916157-52916176 None:intergenic 50.0%
AAGTAAATTGCGCACGGGGA+AGG + Chr7:52915747-52915766 None:intergenic 50.0%
AGAAAACTCCGCGACTGAGA+TGG + Chr7:52915494-52915513 None:intergenic 50.0%
AGTAAATTGCGCACGGGGAA+GGG + Chr7:52915746-52915765 None:intergenic 50.0%
ATTTGCCTCCATCTCAGTCG+CGG - Chr7:52915483-52915502 MsG0780038776.01.T01:CDS 50.0%
CAGACCTTGTCCTTGTGGAT+GGG + Chr7:52915940-52915959 None:intergenic 50.0%
GAACACTTGAAGAGGAACCG+CGG + Chr7:52916158-52916177 None:intergenic 50.0%
GAGAATTGCCTGGTCCTCTA+CGG + Chr7:52916578-52916597 None:intergenic 50.0%
GGTAGTGAGGATCCTCATCA+AGG + Chr7:52915787-52915806 None:intergenic 50.0%
TCAGACCTTGTCCTTGTGGA+TGG + Chr7:52915941-52915960 None:intergenic 50.0%
! GATACTTGCAAGCACCGTAG+AGG - Chr7:52916561-52916580 MsG0780038776.01.T01:CDS 50.0%
!! GGTGCCATTGCATCTTTCAG+AGG - Chr7:52916525-52916544 MsG0780038776.01.T01:CDS 50.0%
AAACTCCGCGACTGAGATGG+AGG + Chr7:52915491-52915510 None:intergenic 55.0%
GGAACCCATCCACAAGGACA+AGG - Chr7:52915933-52915952 MsG0780038776.01.T01:CDS 55.0%
!! CACGTGGGTATCGAGATGCA+TGG - Chr7:52915900-52915919 MsG0780038776.01.T01:CDS 55.0%
ACACAGATGCGGCTGCCTCA+AGG - Chr7:52916304-52916323 MsG0780038776.01.T01:intron 60.0%
! TGCAAGCACCGTAGAGGACC+AGG - Chr7:52916567-52916586 MsG0780038776.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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>MsG0780038776.01.T02

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