AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038779.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 67 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 85 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GAACACTTGAAGAGGAACCG+CGG 0.723582 7:+52976596 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!!! TCATAACTAATTTGAAATAG+TGG + Chr7:52976984-52977003 None:intergenic 20.0%
! AAATATAACAAATTTACCCG+CGG - Chr7:52976653-52976672 MsG0780038779.01.T01:intron 25.0%
! AACATAATTCATGAGTGTAT+TGG + Chr7:52977165-52977184 None:intergenic 25.0%
! ACATAATTCATGAGTGTATT+GGG + Chr7:52977164-52977183 None:intergenic 25.0%
! CAAATTGATTACAACTTTGA+AGG - Chr7:52977011-52977030 MsG0780038779.01.T01:CDS 25.0%
! CATAATACTTACTGCTAAAA+AGG + Chr7:52976499-52976518 None:intergenic 25.0%
! TAATTTAACATCCACGTATA+AGG - Chr7:52976553-52976572 MsG0780038779.01.T01:CDS 25.0%
! TCACATCATATGAAAAAGAA+AGG + Chr7:52976902-52976921 None:intergenic 25.0%
!!! AACAGACTCATTTTGTTTTA+TGG - Chr7:52976922-52976941 MsG0780038779.01.T01:intron 25.0%
!!! CTTTTTAGCAGTAAGTATTA+TGG - Chr7:52976497-52976516 MsG0780038779.01.T01:CDS 25.0%
!!! TCATTTTTACTTATTCACGT+GGG - Chr7:52976402-52976421 MsG0780038779.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTGTTTTATGGCATATGA+TGG - Chr7:52976932-52976951 MsG0780038779.01.T01:intron 25.0%
AATCACTACTAACATTGAGA+GGG - Chr7:52976232-52976251 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
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ATATTTGTGAACCGAATCAA+TGG + Chr7:52976772-52976791 None:intergenic 30.0%
CATGAATTATGTTGAAAGCT+TGG - Chr7:52977172-52977191 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
GAAGATAGGATCAATAAAGA+GGG + Chr7:52976120-52976139 None:intergenic 30.0%
GACAATTTATCAAAACCTTG+AGG + Chr7:52976846-52976865 None:intergenic 30.0%
GTGATTATTTCGCTTGATTT+GGG - Chr7:52976792-52976811 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
TAATCACTACTAACATTGAG+AGG - Chr7:52976231-52976250 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
TATTTGTGAACCGAATCAAT+GGG + Chr7:52976771-52976790 None:intergenic 30.0%
TGTGATTATTTCGCTTGATT+TGG - Chr7:52976791-52976810 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
!! CTCATTTTTACTTATTCACG+TGG - Chr7:52976401-52976420 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATTTTAGAGTTGTAGAGTCT+TGG - Chr7:52976955-52976974 MsG0780038779.01.T01:intron 30.0%
!!! TGAAGGTCCGAATTTTTTTT+TGG - Chr7:52977028-52977047 MsG0780038779.01.T01:CDS 30.0%
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ATGTTAGTAGTGATTAGTGC+TGG + Chr7:52976227-52976246 None:intergenic 35.0%
ATTTGAGTGGAACGCTTAAT+TGG - Chr7:52976727-52976746 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
CATTACGTTGTGTATTTGAG+TGG - Chr7:52976714-52976733 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
CGAAGATAGGATCAATAAAG+AGG + Chr7:52976121-52976140 None:intergenic 35.0%
GGACGAGATCTGAAAAATTA+GGG - Chr7:52976465-52976484 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
GTTGTCAAGTAAATTGCACA+CGG + Chr7:52976270-52976289 None:intergenic 35.0%
TAACATCACTACCTTATACG+TGG + Chr7:52976567-52976586 None:intergenic 35.0%
TATCAATGTCACCGACAATA+AGG + Chr7:52976325-52976344 None:intergenic 35.0%
TCAGTATGGGTGATAACATT+TGG - Chr7:52976628-52976647 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
TCTAACGTTCATCGTATTGT+TGG - Chr7:52976353-52976372 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
TGTTAGTAGTGATTAGTGCT+GGG + Chr7:52976226-52976245 None:intergenic 35.0%
TTGTCAAGTAAATTGCACAC+GGG + Chr7:52976269-52976288 None:intergenic 35.0%
! TTTCGACTTTCCCATTGATT+CGG - Chr7:52976758-52976777 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGTCTGTTTTTCCAGCTAT+CGG - Chr7:52976861-52976880 MsG0780038779.01.T01:CDS 35.0%
AATACACAACGTAATGCTCC+TGG + Chr7:52976710-52976729 None:intergenic 40.0%
CCTCATCAAGGGAAATTGAA+GGG + Chr7:52976292-52976311 None:intergenic 40.0%
GATTTCGTGCAGATTGTTGA+AGG + Chr7:52976154-52976173 None:intergenic 40.0%
TCCTCATCAAGGGAAATTGA+AGG + Chr7:52976293-52976312 None:intergenic 40.0%
TCTTAGTAGTGACCAATGCT+AGG + Chr7:52976181-52976200 None:intergenic 40.0%
TGTCAAGTAAATTGCACACG+GGG + Chr7:52976268-52976287 None:intergenic 40.0%
! AGAGACGAGAGTTTTCAGTA+TGG - Chr7:52976614-52976633 MsG0780038779.01.T01:CDS 40.0%
! GAGACGAGAGTTTTCAGTAT+GGG - Chr7:52976615-52976634 MsG0780038779.01.T01:CDS 40.0%
!! AGGTGCATTTTGACGAAGAT+AGG + Chr7:52976134-52976153 None:intergenic 40.0%
!! CGTATTGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr7:52976365-52976384 MsG0780038779.01.T01:CDS 40.0%
!! TTTTTCAGATCTCGTCCTTG+TGG + Chr7:52976462-52976481 None:intergenic 40.0%
AAGTAAATTGCACACGGGGA+AGG + Chr7:52976264-52976283 None:intergenic 45.0%
ACGAAATCCACACCTAGCAT+TGG - Chr7:52976166-52976185 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
AGTAAATTGCACACGGGGAA+GGG + Chr7:52976263-52976282 None:intergenic 45.0%
CCCTTCAATTTCCCTTGATG+AGG - Chr7:52976289-52976308 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
CGAACGTTGAACACTTGAAG+AGG + Chr7:52976681-52976700 None:intergenic 45.0%
GAGTGGAACGCTTAATTGGT+TGG - Chr7:52976731-52976750 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
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! ATGATGCGAATGAGGTGCTT+GGG - Chr7:52976080-52976099 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
! GAGATGCATGGCTTCAGTTT+TGG - Chr7:52976429-52976448 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
!! GTCGGTGACATTGATAACGA+AGG - Chr7:52976329-52976348 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGTTTTGGAACCCATCCACA+AGG - Chr7:52976444-52976463 MsG0780038779.01.T01:CDS 45.0%
AACACTTGAAGAGGAACCGC+GGG + Chr7:52976672-52976691 None:intergenic 50.0%
ACAACGTAATGCTCCTGGAG+GGG + Chr7:52976705-52976724 None:intergenic 50.0%
ACACAACGTAATGCTCCTGG+AGG + Chr7:52976707-52976726 None:intergenic 50.0%
CACAACGTAATGCTCCTGGA+GGG + Chr7:52976706-52976725 None:intergenic 50.0%
CAGATCTCGTCCTTGTGGAT+GGG + Chr7:52976457-52976476 None:intergenic 50.0%
CCACTGCATCTTTCAGAGGA+TGG - Chr7:52977053-52977072 MsG0780038779.01.T01:CDS 50.0%
CCAGCTATCGGTGTGTTGAA+TGG - Chr7:52976873-52976892 MsG0780038779.01.T01:CDS 50.0%
CCATTCAACACACCGATAGC+TGG + Chr7:52976876-52976895 None:intergenic 50.0%
GAACACTTGAAGAGGAACCG+CGG + Chr7:52976673-52976692 None:intergenic 50.0%
GTAGCGAGGATCCTCATCAA+GGG + Chr7:52976303-52976322 None:intergenic 50.0%
GTAGTGACCAATGCTAGGTG+TGG + Chr7:52976176-52976195 None:intergenic 50.0%
TCACCGACAATAAGGTAGCG+AGG + Chr7:52976317-52976336 None:intergenic 50.0%
TCAGATCTCGTCCTTGTGGA+TGG + Chr7:52976458-52976477 None:intergenic 50.0%
! CCATCCTCTGAAAGATGCAG+TGG + Chr7:52977056-52977075 None:intergenic 50.0%
ACGCAGATGCAGCTACCTCA+AGG - Chr7:52976828-52976847 MsG0780038779.01.T01:CDS 55.0%
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GGTAGCGAGGATCCTCATCA+AGG + Chr7:52976304-52976323 None:intergenic 55.0%
!! CACGTGGGTATCGAGATGCA+TGG - Chr7:52976417-52976436 MsG0780038779.01.T01:CDS 55.0%
!! GGTGCCACTGCATCTTTCAG+AGG - Chr7:52977049-52977068 MsG0780038779.01.T01:CDS 55.0%
GTTCAACGTTCGCCCCCTCC+AGG - Chr7:52976689-52976708 MsG0780038779.01.T01:intron 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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Gene Sequence

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Protein sequence

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