AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene049993


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Find 82 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AAGAAGATTCTTAATGAAAT+TGG 0.154424 5.3:+51934104 MS.gene049993:CDS
TTGCAGAGGTTTATCCAATT+TGG 0.271458 5.3:-51933213 None:intergenic
TTACGTTAAGTTCTATCTTT+GGG 0.294383 5.3:+51937345 MS.gene049993:CDS
TCTGACACATCTCTTAAGTT+AGG 0.297639 5.3:+51937461 MS.gene049993:CDS
GTTACGTTAAGTTCTATCTT+TGG 0.298906 5.3:+51937344 MS.gene049993:CDS
CACACCATTGAATCAGATTC+AGG 0.301074 5.3:-51939543 None:intergenic
AGAAGATTCTTAATGAAATT+GGG 0.314719 5.3:+51934105 MS.gene049993:CDS
GTCCCACCACATCACCAAAT+TGG 0.337123 5.3:+51933199 MS.gene049993:CDS
ACAGCTGCTTACATTATTCA+TGG 0.347856 5.3:-51937408 None:intergenic
AATATGTAGAGAAAGATTAA+TGG 0.356186 5.3:+51923805 None:intergenic
CATGCCAACTGAATTGTATA+AGG 0.358067 5.3:+51933448 MS.gene049993:CDS
CTTAGAGGGGTTGCAGCAAT+TGG 0.364033 5.3:+51933637 MS.gene049993:CDS
ATTGAGAAACCTTAGTTGTT+GGG 0.403691 5.3:-51933486 None:intergenic
TTGGAGAAAACTCTTGAATC+AGG 0.405786 5.3:+51933656 MS.gene049993:CDS
CACATGGACACTTGAAAGTA+AGG 0.415391 5.3:-51940412 None:intergenic
GAACAAGCATTTAAAGCAAA+AGG 0.431342 5.3:+51937203 MS.gene049993:CDS
AATTGAGAAACCTTAGTTGT+TGG 0.432761 5.3:-51933487 None:intergenic
TGCCACCTCTGCCTCCGATC+AGG 0.435397 5.3:+51939439 MS.gene049993:CDS
TAGAAGAAATGAAGAAATTG+TGG 0.447934 5.3:+51939670 MS.gene049993:CDS
ATCAATCCATGTCAGTTAAC+GGG 0.448665 5.3:+51939403 MS.gene049993:CDS
TCCATGTGGCAAGGGATATG+AGG 0.450146 5.3:+51940427 MS.gene049993:CDS
TCCTGATGCCGAAGATGAAA+AGG 0.451122 5.3:+51939791 MS.gene049993:CDS
GATCAATCCATGTCAGTTAA+CGG 0.463027 5.3:+51939402 MS.gene049993:CDS
AATTGGGGCACTTCGAATGA+AGG 0.468411 5.3:+51934121 MS.gene049993:CDS
ATGATACAACCCAACAACTA+AGG 0.469146 5.3:+51933477 MS.gene049993:CDS
GAAATTGTGGGATGAAGTTA+TGG 0.473375 5.3:+51939683 MS.gene049993:CDS
TTCGGTTTGATATAGTATGA+AGG 0.479546 5.3:+51933151 MS.gene049993:intron
CACCCCTGAATCTGATTCAA+TGG 0.480438 5.3:+51939539 MS.gene049993:CDS
AAGCCGTACGTACTTGGAAC+TGG 0.480819 5.3:-51923996 None:intergenic
AAACAATTGTTACTATAAGT+TGG 0.487914 5.3:+51940463 MS.gene049993:CDS
CTGACACATCTCTTAAGTTA+GGG 0.489139 5.3:+51937462 MS.gene049993:CDS
CAAGCGTGTGATTGAGATGA+AGG 0.497959 5.3:+51933682 MS.gene049993:CDS
TCATCTTCGGCATCAGGAGA+GGG 0.499982 5.3:-51939786 None:intergenic
TTTGAAGGGTTAAACTTAGA+GGG 0.500607 5.3:+51933623 MS.gene049993:CDS
ACTGCTTCTTTAACCTCAGA+AGG 0.506369 5.3:-51939486 None:intergenic
TCGGTTTGATATAGTATGAA+GGG 0.513655 5.3:+51933152 MS.gene049993:intron
TTAACTGACATGGATTGATC+TGG 0.515754 5.3:-51939399 None:intergenic
TTCATCTTCGGCATCAGGAG+AGG 0.519032 5.3:-51939787 None:intergenic
TTCAAGTGTCCATGTGGCAA+GGG 0.520718 5.3:+51940419 MS.gene049993:CDS
TATCCAATTTGGTGATGTGG+TGG 0.522005 5.3:-51933202 None:intergenic
TACTTTACCTGCACTTGCAG+AGG 0.526172 5.3:-51933227 None:intergenic
GGATAAACCTCTGCAAGTGC+AGG 0.526573 5.3:+51933220 MS.gene049993:CDS
GTAGAGGCTTAAAAGGATGA+AGG 0.528571 5.3:+51939641 MS.gene049993:intron
ACTTCCTTATACAATTCAGT+TGG 0.535258 5.3:-51933452 None:intergenic
ACACCATTGAATCAGATTCA+GGG 0.536538 5.3:-51939542 None:intergenic
TTTCAAGTGTCCATGTGGCA+AGG 0.538328 5.3:+51940418 MS.gene049993:CDS
CATCTCCTGATCGGAGGCAG+AGG 0.542379 5.3:-51939444 None:intergenic
CTCCTGATCGGAGGCAGAGG+TGG 0.543920 5.3:-51939441 None:intergenic
CGACGACCCGTTAACTGACA+TGG 0.545399 5.3:-51939409 None:intergenic
ATCTGGCAAGGTGCATGGAT+CGG 0.545557 5.3:-51939382 None:intergenic
AGAAGAAATGAAGAAATTGT+GGG 0.547796 5.3:+51939671 MS.gene049993:CDS
TCATCTTCAGCATCAGGAGA+GGG 0.548219 5.3:-51939744 None:intergenic
GAAGATTCTTAATGAAATTG+GGG 0.550878 5.3:+51934106 MS.gene049993:CDS
GATTGATCTGGCAAGGTGCA+TGG 0.554720 5.3:-51939387 None:intergenic
ACCTCATATCCCTTGCCACA+TGG 0.556443 5.3:-51940428 None:intergenic
GAGGAATCATCTTCAAGAGA+AGG 0.559575 5.3:-51937440 None:intergenic
TTGAAGGGTTAAACTTAGAG+GGG 0.563668 5.3:+51933624 MS.gene049993:CDS
ATCCAATTTGGTGATGTGGT+GGG 0.563973 5.3:-51933201 None:intergenic
GGCTTAAAAGGATGAAGGAT+CGG 0.568305 5.3:+51939646 MS.gene049993:CDS
TGAAGTTATTGATCCTTCTG+AGG 0.569427 5.3:+51939473 MS.gene049993:CDS
GTTTATCCAATTTGGTGATG+TGG 0.574639 5.3:-51933205 None:intergenic
AATGTAAGCAGCTGTAATAG+TGG 0.579600 5.3:+51937416 MS.gene049993:CDS
TTCATCTTCAGCATCAGGAG+AGG 0.580580 5.3:-51939745 None:intergenic
AACAGTGAAGAGCGTTGCCA+CGG 0.585738 5.3:-51939353 None:intergenic
TACGTTAAGTTCTATCTTTG+GGG 0.585861 5.3:+51937346 MS.gene049993:CDS
AAAGGAAATCATGCTAGAAG+AGG 0.586650 5.3:+51937179 MS.gene049993:intron
AGGAATCATCTTCAAGAGAA+GGG 0.588663 5.3:-51937439 None:intergenic
CACCATTGAATCAGATTCAG+GGG 0.596966 5.3:-51939541 None:intergenic
AAGAAGCTATTAGTGTGGAG+TGG 0.620863 5.3:+51940372 MS.gene049993:CDS
TCAGATATACATCTCCTGAT+CGG 0.622349 5.3:-51939453 None:intergenic
CATTGAATCAGATTCAGGGG+TGG 0.623591 5.3:-51939538 None:intergenic
GTATGAAGGGCATAATTACA+AGG 0.624293 5.3:+51933165 MS.gene049993:intron
GTAGAGAAAGATTAATGGCG+AGG 0.644027 5.3:+51923810 None:intergenic
TGACATGGATTGATCTGGCA+AGG 0.648049 5.3:-51939394 None:intergenic
AAATAGATAATGCAACTGCA+AGG 0.650419 5.3:+51923852 MS.gene049993:CDS
ACACTTCCTTTCAGTCTCCG+TGG 0.650472 5.3:+51939336 MS.gene049993:intron
GTATGAAGAAGCTATTAGTG+TGG 0.658817 5.3:+51940367 MS.gene049993:CDS
GGATGAAGTTATGGAAGACG+AGG 0.665346 5.3:+51939692 MS.gene049993:CDS
TAACTTAAGAGATGTGTCAG+AGG 0.666354 5.3:-51937459 None:intergenic
AGGGATCTTCAAGAAAGCTG+AGG 0.666401 5.3:+51923901 MS.gene049993:CDS
CTTACTTTCAAGTGTCCATG+TGG 0.670337 5.3:+51940413 MS.gene049993:CDS
GATATACATCTCCTGATCGG+AGG 0.683227 5.3:-51939450 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr5.3 gene 51923814 51940490 51923814 ID=MS.gene049993
chr5.3 mRNA 51923814 51940490 51923814 ID=MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993
chr5.3 exon 51923814 51924005 51923814 ID=MS.gene049993.t1.exon1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51923814 51924005 51923814 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51933166 51933241 51933166 ID=MS.gene049993.t1.exon2;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51933166 51933241 51933166 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51933437 51933498 51933437 ID=MS.gene049993.t1.exon3;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51933437 51933498 51933437 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51933604 51933703 51933604 ID=MS.gene049993.t1.exon4;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51933604 51933703 51933604 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51934101 51934142 51934101 ID=MS.gene049993.t1.exon5;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51934101 51934142 51934101 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51937183 51937224 51937183 ID=MS.gene049993.t1.exon6;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51937183 51937224 51937183 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51937341 51937483 51937341 ID=MS.gene049993.t1.exon7;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51937341 51937483 51937341 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51939350 51939560 51939350 ID=MS.gene049993.t1.exon8;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51939350 51939560 51939350 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51939645 51939890 51939645 ID=MS.gene049993.t1.exon9;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51939645 51939890 51939645 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 exon 51940350 51940490 51940350 ID=MS.gene049993.t1.exon10;Parent=MS.gene049993.t1
chr5.3 CDS 51940350 51940490 51940350 ID=cds.MS.gene049993.t1;Parent=MS.gene049993.t1
Gene Sequence

>MS.gene049993

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