AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036054.01


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MsG0780036054.01.T01 AT3G20120 25.079 315 199 10 30 319 43 345 1.31e-18 86.3
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MsG0780036054.01.T01 AT5G45340 27.193 228 149 6 89 312 218 432 6.50e-16 79.0
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MsG0780036054.01.T01 AT2G42250 28.837 215 129 7 126 321 277 486 7.04e-16 79.0
MsG0780036054.01.T01 AT1G13100 24.843 318 212 11 23 318 155 467 8.77e-16 78.6
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MsG0780036054.01.T01 AT1G66540 24.671 304 197 12 28 314 56 344 1.10e-15 77.8
MsG0780036054.01.T01 AT3G10560 24.896 241 166 7 86 314 243 480 1.12e-15 78.2
MsG0780036054.01.T01 AT2G45560 26.948 308 202 12 27 316 173 475 1.19e-15 78.2
MsG0780036054.01.T01 AT2G23220 21.474 312 226 8 13 314 170 472 1.81e-15 77.8
MsG0780036054.01.T01 AT4G37310 23.871 310 204 10 28 314 169 469 1.86e-15 77.8
MsG0780036054.01.T01 AT3G30290 26.877 253 148 8 77 309 130 365 2.02e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT1G33720 28.063 253 164 9 79 318 98 345 2.03e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT1G33720 28.063 253 164 9 79 318 98 345 2.03e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT1G33720 28.063 253 164 9 79 318 98 345 2.03e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT2G12190 27.160 243 156 7 92 314 237 478 2.35e-15 77.4
MsG0780036054.01.T01 AT4G12330 23.184 358 244 13 2 342 158 501 2.42e-15 77.4
MsG0780036054.01.T01 AT1G73340 28.632 234 150 6 89 315 231 454 2.72e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT3G61880 27.092 251 159 10 82 318 262 502 2.75e-15 77.4
MsG0780036054.01.T01 AT3G61880 27.092 251 159 10 82 318 262 502 2.77e-15 77.4
MsG0780036054.01.T01 AT1G33720 28.063 253 164 9 79 318 230 477 2.95e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT2G26170 27.979 193 125 5 157 342 244 429 3.02e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT2G30750 25.085 295 191 10 39 314 179 462 3.04e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT3G19270 27.778 234 155 5 87 315 215 439 3.06e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT3G20090 25.704 284 178 9 50 319 81 345 3.06e-15 76.6
MsG0780036054.01.T01 AT4G31500 24.012 329 217 10 10 316 149 466 3.11e-15 77.0
MsG0780036054.01.T01 AT3G19270 27.660 235 156 5 87 316 215 440 4.24e-15 76.6
MsG0780036054.01.T01 AT2G23190 24.699 332 223 13 13 328 199 519 4.86e-15 76.6
MsG0780036054.01.T01 AT4G36220 22.807 342 222 11 13 321 156 488 6.17e-15 76.3
MsG0780036054.01.T01 AT2G26170 23.970 267 181 7 86 342 258 512 6.42e-15 76.3
MsG0780036054.01.T01 AT4G12300 24.286 350 233 13 13 341 160 498 7.23e-15 75.9
MsG0780036054.01.T01 AT1G19630 27.354 223 153 5 100 318 233 450 7.41e-15 75.9
MsG0780036054.01.T01 AT5G04330 28.125 192 118 5 140 318 290 474 7.66e-15 75.9
MsG0780036054.01.T01 AT1G19630 27.727 220 150 5 100 315 233 447 1.19e-14 75.1
MsG0780036054.01.T01 AT3G20110 24.342 304 214 7 27 319 174 472 1.20e-14 75.1
MsG0780036054.01.T01 AT1G12740 23.794 311 211 10 14 314 155 449 1.21e-14 75.1
MsG0780036054.01.T01 AT1G12740 23.794 311 211 10 14 314 149 443 1.22e-14 75.1
MsG0780036054.01.T01 AT1G57750 27.895 190 127 4 91 275 239 423 1.88e-14 74.3
MsG0780036054.01.T01 AT2G32440 24.359 234 170 4 89 318 233 463 1.97e-14 74.7
MsG0780036054.01.T01 AT2G32440 24.359 234 170 4 89 318 233 463 1.97e-14 74.7
MsG0780036054.01.T01 AT2G27010 23.567 314 212 10 27 319 152 458 2.14e-14 74.3
MsG0780036054.01.T01 AT3G10570 23.770 244 165 8 89 315 242 481 2.91e-14 73.9
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MsG0780036054.01.T01 AT5G48000 26.471 204 133 5 126 317 254 452 3.52e-14 73.6
MsG0780036054.01.T01 AT5G48000 26.471 204 133 5 126 317 254 452 3.52e-14 73.6
MsG0780036054.01.T01 AT5G48000 26.471 204 133 5 126 317 254 452 3.52e-14 73.6
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MsG0780036054.01.T01 AT4G31970 24.535 269 179 10 60 313 225 484 4.03e-14 73.6
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MsG0780036054.01.T01 AT2G29090 24.625 333 203 11 25 338 174 477 6.66e-14 72.8
MsG0780036054.01.T01 AT2G29090 24.625 333 203 11 25 338 174 477 6.66e-14 72.8
MsG0780036054.01.T01 AT1G78490 27.679 224 144 6 106 316 233 451 7.67e-14 72.8
MsG0780036054.01.T01 AT4G13310 27.481 262 161 10 1 245 141 390 1.14e-13 72.0
MsG0780036054.01.T01 AT3G26200 23.054 334 227 12 10 321 146 471 1.15e-13 72.4
MsG0780036054.01.T01 AT1G05160 24.790 238 166 6 89 318 234 466 1.55e-13 71.6
MsG0780036054.01.T01 AT1G05160 24.790 238 166 6 89 318 234 466 1.55e-13 71.6
MsG0780036054.01.T01 AT5G06905 27.854 219 129 8 126 319 268 482 3.93e-13 70.5
MsG0780036054.01.T01 AT3G26220 26.115 314 200 11 30 318 166 472 4.92e-13 70.5
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MsG0780036054.01.T01 AT5G04630 26.203 187 128 5 138 315 292 477 9.66e-13 69.3
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MsG0780036054.01.T01 AT3G20960 23.602 322 195 10 30 319 179 481 1.10e-12 69.3
MsG0780036054.01.T01 AT3G20100 23.577 246 166 7 87 317 242 480 1.90e-12 68.6
MsG0780036054.01.T01 AT5G07990 27.429 175 116 4 153 317 298 471 2.68e-12 68.2
MsG0780036054.01.T01 AT1G11680 25.692 253 156 8 77 312 217 454 2.70e-12 68.2
MsG0780036054.01.T01 AT3G13730 23.790 248 175 5 77 319 232 470 2.94e-12 67.8
MsG0780036054.01.T01 AT3G03470 25.490 255 169 8 79 314 225 477 3.83e-12 67.8
MsG0780036054.01.T01 AT3G13730 24.481 241 168 5 77 312 232 463 4.10e-12 67.4
MsG0780036054.01.T01 AT3G53300 24.051 316 203 10 27 316 162 466 4.76e-12 67.4
MsG0780036054.01.T01 AT4G37320 22.609 230 168 5 87 314 236 457 6.56e-12 67.0
MsG0780036054.01.T01 AT1G64900 26.639 244 155 7 91 314 233 472 9.83e-12 66.2
MsG0780036054.01.T01 AT4G15396 24.066 241 162 7 91 320 221 451 1.13e-11 66.2
MsG0780036054.01.T01 AT2G27000 23.397 312 211 10 27 317 174 478 1.40e-11 65.9
MsG0780036054.01.T01 AT4G36380 25.490 255 161 9 79 319 252 491 1.97e-11 65.5
MsG0780036054.01.T01 AT5G38970 25.000 220 152 5 100 314 146 357 2.31e-11 64.7
MsG0780036054.01.T01 AT5G38970 25.000 220 152 5 100 314 146 357 2.31e-11 64.7
MsG0780036054.01.T01 AT5G38970 25.000 220 152 5 100 314 227 438 5.07e-11 63.9
MsG0780036054.01.T01 AT4G15396 22.868 258 179 6 91 338 221 468 5.70e-11 63.9
MsG0780036054.01.T01 AT1G17060 28.696 115 81 1 13 126 178 292 6.65e-11 63.2

Find 78 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 158 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ATGTCTTCAAAGGCCATTCT+AGG 0.249869 7:-1886757 None:intergenic
CAATGGTGGAATTCCCTCTT+TGG 0.263697 7:+1885227 MsG0780036054.01.T01:CDS
ATCCATATTGATAACCCTTT+AGG 0.267309 7:-1886802 None:intergenic
GGCCTTTGAAGACATAATAT+TGG 0.268887 7:+1886765 MsG0780036054.01.T01:CDS
AGTCGCCACCTTTGCTTTCC+TGG 0.268998 7:+1884280 MsG0780036054.01.T01:CDS
TCGATTTAGCTTCACAATTT+CGG 0.291028 7:+1887014 MsG0780036054.01.T01:CDS
TCCCTAAAGGGTTATCAATA+TGG 0.297298 7:+1886800 MsG0780036054.01.T01:CDS
ATTGGAAGAAGCAATTCTTA+TGG 0.318782 7:+1885003 MsG0780036054.01.T01:CDS
GTTTGTCCAACACAATTTCT+TGG 0.321906 7:-1886946 None:intergenic
TCCATATTGATAACCCTTTA+GGG 0.327147 7:-1886801 None:intergenic
ATGTTAGAATCGCTACAAAA+AGG 0.327192 7:+1884103 MsG0780036054.01.T01:CDS
TTCTTATGGGAATGATTTGT+TGG 0.339616 7:+1885017 MsG0780036054.01.T01:CDS
GCCTTTGAAGACATAATATT+GGG 0.344415 7:+1886766 MsG0780036054.01.T01:CDS
TTGCTTGAGCACAGAGAGTC+TGG 0.365880 7:-1884258 None:intergenic
ACTTCAAAATCATTCATTCC+TGG 0.367884 7:+1886898 MsG0780036054.01.T01:CDS
AGTTAGAGCTGAGGTTAAAA+GGG 0.378840 7:+1885200 MsG0780036054.01.T01:CDS
TTGGAAGAAGCAATTCTTAT+GGG 0.379157 7:+1885004 MsG0780036054.01.T01:CDS
AGGAAAGATTGTGTTGAGAT+TGG 0.384101 7:+1884985 MsG0780036054.01.T01:CDS
ATTATATCTAGAACTGAGTT+TGG 0.387915 7:+1884187 MsG0780036054.01.T01:CDS
CAAATTTGAACCCCATGCTT+GGG 0.399559 7:-1887078 None:intergenic
ACAAATTTGAACCCCATGCT+TGG 0.402150 7:-1887079 None:intergenic
ACCTTTGCTTTCCTGGCAGC+AGG 0.407278 7:+1884287 MsG0780036054.01.T01:CDS
TCAAATTTGTTTGAAGTCGT+TGG 0.417466 7:+1887092 MsG0780036054.01.T01:CDS
TGTTATTTGCAGAGCTATGC+AGG 0.422778 7:+1884055 None:intergenic
AGAAATAAAGTCATTGAAGA+TGG 0.428012 7:+1884927 MsG0780036054.01.T01:CDS
TTTGTCCAACACAATTTCTT+GGG 0.434962 7:-1886945 None:intergenic
ATTTCTCTATTGTACTTGCT+TGG 0.436150 7:-1884910 None:intergenic
CTTAAATTTGCAATTAGTGA+TGG 0.450555 7:+1885077 MsG0780036054.01.T01:CDS
GTGACCTTTACATCCCTAAA+GGG 0.450923 7:+1886788 MsG0780036054.01.T01:CDS
GCAGAGCTATGCAGGGCATA+TGG 0.460640 7:+1884063 MsG0780036054.01.T01:CDS
ATCAATATGGATTCCTGTGT+TGG 0.462096 7:+1886813 MsG0780036054.01.T01:CDS
ATTACTTACCGTAGTGAGCT+TGG 0.463518 7:-1885259 None:intergenic
GGAAGTGGAGAGATTATTGA+TGG 0.474723 7:+1884948 MsG0780036054.01.T01:CDS
GTCATTGAGGCTCTATCCTC+CGG 0.480266 7:+1886723 MsG0780036054.01.T01:CDS
TCTTATGGGAATGATTTGTT+GGG 0.483552 7:+1885018 MsG0780036054.01.T01:CDS
GGTGACCTTTACATCCCTAA+AGG 0.485038 7:+1886787 MsG0780036054.01.T01:CDS
TCTGGAGAACTGTGAGGAGA+TGG 0.488449 7:-1884240 None:intergenic
TTTCTTGGGCCAAAAGCAAA+TGG 0.488690 7:-1886931 None:intergenic
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CRISPR-GE

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ATCAATATGGATTCCTGTGT+TGG + Chr7:1886813-1886832 MsG0780036054.01.T01:CDS 35.0%
ATCACTAATGCACAACTACA+AGG - Chr7:1885492-1885511 None:intergenic 35.0%
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TCTCACTATGTTGAGTGATT+AGG - Chr7:1886476-1886495 None:intergenic 35.0%
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TTTGGCCCAAGAAATTGTGT+TGG + Chr7:1886940-1886959 MsG0780036054.01.T01:CDS 40.0%
! CAACAGCACTTTTACTCACT+TGG + Chr7:1885136-1885155 MsG0780036054.01.T01:CDS 40.0%
! GAGGTTAAAAGGGTATGCAA+TGG + Chr7:1885210-1885229 MsG0780036054.01.T01:CDS 40.0%
! GTTAAAAGGGTATGCAATGG+TGG + Chr7:1885213-1885232 MsG0780036054.01.T01:CDS 40.0%
AAGTTATGAGGGACAAGTGG+CGG + Chr7:1885667-1885686 MsG0780036054.01.T01:intron 45.0%
CACAATTAAGCCCAAGCATG+GGG + Chr7:1887068-1887087 MsG0780036054.01.T01:CDS 45.0%
CTACAAAAAGGGTTGGAGTG+TGG + Chr7:1884115-1884134 MsG0780036054.01.T01:CDS 45.0%
CTCACAATTAAGCCCAAGCA+TGG + Chr7:1887066-1887085 MsG0780036054.01.T01:CDS 45.0%
GCAAATGGTAAAAAACGGCC+AGG - Chr7:1886919-1886938 None:intergenic 45.0%
GGCGTGTGTTAAGATTATCG+AGG - Chr7:1885447-1885466 None:intergenic 45.0%
GGTGACCTTTACATCCCTAA+AGG + Chr7:1886787-1886806 MsG0780036054.01.T01:CDS 45.0%
! ATTCTAGGGAGTACAGATGC+CGG - Chr7:1886745-1886764 None:intergenic 45.0%
! CAATGGTGGAATTCCCTCTT+TGG + Chr7:1885227-1885246 MsG0780036054.01.T01:CDS 45.0%
!! AAAAGTAAATAATAAAAAAT+TGG - Chr7:1886679-1886698 None:intergenic 5.0%
!! AAAATATAATATATATATCT+TGG - Chr7:1886621-1886640 None:intergenic 5.0%
!!! TATAATATATATTGTTTTTA+AGG - Chr7:1886514-1886533 None:intergenic 5.0%
!!! TATATTTTTTTAACAAATAA+CGG + Chr7:1886530-1886549 MsG0780036054.01.T01:intron 5.0%
AGAGAGTCTGGAGAACTGTG+AGG - Chr7:1884249-1884268 None:intergenic 50.0%
AGTTATGAGGGACAAGTGGC+GGG + Chr7:1885668-1885687 MsG0780036054.01.T01:intron 50.0%
GGACAAAGTGAGGTGGAGAT+TGG + Chr7:1884136-1884155 MsG0780036054.01.T01:CDS 50.0%
GGCATCTGTACTCCCTAGAA+TGG + Chr7:1886744-1886763 MsG0780036054.01.T01:CDS 50.0%
GGTGGAGATTGGTGAGTACA+TGG + Chr7:1884147-1884166 MsG0780036054.01.T01:CDS 50.0%
GTCATTGAGGCTCTATCCTC+CGG + Chr7:1886723-1886742 MsG0780036054.01.T01:CDS 50.0%
GTTGGAGTGTGGACAAAGTG+AGG + Chr7:1884126-1884145 MsG0780036054.01.T01:CDS 50.0%
TCTGGAGAACTGTGAGGAGA+TGG - Chr7:1884243-1884262 None:intergenic 50.0%
TCTTTGCACTCGTGTGTAGC+TGG + Chr7:1886268-1886287 MsG0780036054.01.T01:intron 50.0%
TTGCTTGAGCACAGAGAGTC+TGG - Chr7:1884261-1884280 None:intergenic 50.0%
! GAAAGTACATACCTGCTGCC+AGG - Chr7:1884301-1884320 None:intergenic 50.0%
ACCTGCTGCCAGGAAAGCAA+AGG - Chr7:1884291-1884310 None:intergenic 55.0%
ACCTTTGCTTTCCTGGCAGC+AGG + Chr7:1884287-1884306 MsG0780036054.01.T01:CDS 55.0%
AGTCGCCACCTTTGCTTTCC+TGG + Chr7:1884280-1884299 MsG0780036054.01.T01:CDS 55.0%
GAGCTATGCAGGGCATATGG+TGG + Chr7:1884066-1884085 MsG0780036054.01.T01:CDS 55.0%
GAGGGACCCAAGTGCACAAA+AGG + Chr7:1886343-1886362 MsG0780036054.01.T01:intron 55.0%
GCAGAGCTATGCAGGGCATA+TGG + Chr7:1884063-1884082 MsG0780036054.01.T01:CDS 55.0%
GGAGTGTGGACAAAGTGAGG+TGG + Chr7:1884129-1884148 MsG0780036054.01.T01:CDS 55.0%
TAATTACCGTCACGCACCCG+TGG + Chr7:1887038-1887057 MsG0780036054.01.T01:CDS 55.0%
TGCTGCCAGGAAAGCAAAGG+TGG - Chr7:1884288-1884307 None:intergenic 55.0%
! CTAGGGAGTACAGATGCCGG+AGG - Chr7:1886742-1886761 None:intergenic 60.0%
!! TGAGGGACAAGTGGCGGGTT+TGG + Chr7:1885673-1885692 MsG0780036054.01.T01:intron 60.0%
GCACAACCACGGGTGCGTGA+CGG - Chr7:1887047-1887066 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 1884061 1887122 1884061 ID=MsG0780036054.01;Name=MsG0780036054.01
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Chr7 exon 1884061 1884308 1884061 ID=MsG0780036054.01.T01:exon:2244;Parent=MsG0780036054.01.T01
Chr7 exon 1884903 1885272 1884903 ID=MsG0780036054.01.T01:exon:2245;Parent=MsG0780036054.01.T01
Chr7 exon 1886703 1887122 1886703 ID=MsG0780036054.01.T01:exon:2246;Parent=MsG0780036054.01.T01
Chr7 CDS 1884061 1884308 1884061 ID=MsG0780036054.01.T01:cds;Parent=MsG0780036054.01.T01
Chr7 CDS 1884903 1885272 1884903 ID=MsG0780036054.01.T01:cds;Parent=MsG0780036054.01.T01
Chr7 CDS 1886703 1887122 1886703 ID=MsG0780036054.01.T01:cds;Parent=MsG0780036054.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780036054.01.T01

TTGCAGAGCTATGCAGGGCATATGGTGGAATGTACTAAAGAGATGTTAGAATCGCTACAAAAAGGGTTGGAGTGTGGACAAAGTGAGGTGGAGATTGGTGAGTACATGGCTAAACTTACTGCAGATATTATATCTAGAACTGAGTTTGGTACAAGCTACCAAAAGGGAAGAAAAATATTCCATCTCCTCACAGTTCTCCAGACTCTCTGTGCTCAAGCAAGTCGCCACCTTTGCTTTCCTGGCAGCAGGTTTTTTCCAAGCAAGTACAATAGAGAAATAAAGTCATTGAAGATGGAAGTGGAGAGATTATTGATGGAAATAATACAAAGCAGGAAAGATTGTGTTGAGATTGGAAGAAGCAATTCTTATGGGAATGATTTGTTGGGTATACTATTGAATGAGATGCAAAAGAAGGAAACTAGCTTAAATTTGCAATTAGTGATGGATGAATGCAAAACATTTTTCTTTTCTGGACATGAAACAACAGCACTTTTACTCACTTGGACAGTTATGTTACTAGCAAGTAATCCATCTTGGCAAGAAAAAGTTAGAGCTGAGGTTAAAAGGGTATGCAATGGTGGAATTCCCTCTTTGGATAAACTCTCCAAGCTCACTACGTTGCATATGGTAATCAACGAGTCATTGAGGCTCTATCCTCCGGCATCTGTACTCCCTAGAATGGCCTTTGAAGACATAATATTGGGTGACCTTTACATCCCTAAAGGGTTATCAATATGGATTCCTGTGTTGGCAATTCATCATAGTGAAAAACTATGGGGTAAAGATGCAAATGAATTCAATCCAGAGAGGTTTACTTCAAAATCATTCATTCCTGGCCGTTTTTTACCATTTGCTTTTGGCCCAAGAAATTGTGTTGGACAAACATTTGCCTTAATGGAAGCTAAAATTATATTAGCAATGTTAATCTCTCGATTTAGCTTCACAATTTCGGATAATTACCGTCACGCACCCGTGGTTGTGCTCACAATTAAGCCCAAGCATGGGGTTCAAATTTGTTTGAAGTCGTTGGAGACATGA

Protein sequence

>MsG0780036054.01.T01

LQSYAGHMVECTKEMLESLQKGLECGQSEVEIGEYMAKLTADIISRTEFGTSYQKGRKIFHLLTVLQTLCAQASRHLCFPGSRFFPSKYNREIKSLKMEVERLLMEIIQSRKDCVEIGRSNSYGNDLLGILLNEMQKKETSLNLQLVMDECKTFFFSGHETTALLLTWTVMLLASNPSWQEKVRAEVKRVCNGGIPSLDKLSKLTTLHMVINESLRLYPPASVLPRMAFEDIILGDLYIPKGLSIWIPVLAIHHSEKLWGKDANEFNPERFTSKSFIPGRFLPFAFGPRNCVGQTFALMEAKIILAMLISRFSFTISDNYRHAPVVVLTIKPKHGVQICLKSLET*