Alfalfa Gene Editing Database
Alfalfa Gene Editing Database
Nr:
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene054291.t1 | XP_013452022.1 | 95.8 | 168 | 7 | 0 | 1 | 168 | 1 | 168 | 1.50E-82 | 316.6 |
Swissprot:
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No data available in table | |||||||||||
Trembl:
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene054291.t1 | G7IEW6 | 95.8 | 168 | 7 | 0 | 1 | 168 | 1 | 168 | 1.1e-82 | 316.6 |
TFs/TRs:
Protein Kinases:
Network:
Co-expression Network:
| Gene1 | Gene2 | correlation coefficient | p_value | FDR |
|---|---|---|---|---|
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PPI:
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene054291.t1 | MTR_6g043220 | 95.833 | 168 | 7 | 0 | 1 | 168 | 1 | 168 | 9.10e-117 | 337 |
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| MS.gene054291.t1 | MTR_6g043230 | 68.085 | 47 | 5 | 2 | 164 | 210 | 28 | 64 | 5.11e-12 | 61.2 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene054291.t1 | AT4G09830 | 65.031 | 163 | 50 | 2 | 1 | 163 | 1 | 156 | 8.14e-63 | 199 |
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| MS.gene054291.t1 | AT5G64780 | 36.719 | 128 | 68 | 3 | 224 | 348 | 54 | 171 | 7.24e-14 | 69.7 |
Find 85 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
| sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
|---|---|---|---|
| AACAAGAAGAAGGAGGGTCG+AGG | 0.541006 | 6.1:+24926765 | MS.gene054291:CDS |
| AACAAGAAGAAGGAGGGTCG+AGG | 0.541006 | 6.1:+24938312 | MS.gene054291:CDS |
| AACTGCTGCATAATCCATAT+TGG | 0.366743 | 6.1:-24932701 | None:intergenic |
| AAGGATAAGGGCATTAATGG+AGG | 0.638569 | 6.1:+24932631 | MS.gene054291:CDS |
| AATCTTCAGCTTTATCAAAT+TGG | 0.213955 | 6.1:+24930562 | MS.gene054291:CDS |
| AATCTTCAGCTTTATCAAAT+TGG | 0.213955 | 6.1:+24942210 | MS.gene054291:CDS |
| AATTAAAGCTTTATTGATTA+AGG | 0.208894 | 6.1:-24933130 | None:intergenic |
| ACAAGAAGAAGGAGGGTCGA+GGG | 0.630981 | 6.1:+24926766 | MS.gene054291:CDS |
| ACAAGAAGAAGGAGGGTCGA+GGG | 0.630981 | 6.1:+24938313 | MS.gene054291:CDS |
| ACAATAGCTGGGGCCGGGCA+AGG | 0.510273 | 6.1:+24930463 | MS.gene054291:CDS |
CRISPR-GE
| Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
|---|---|---|---|---|---|
| chr6.1 | gene | 24923963 | 24942329 | 24923963 | ID=MS.gene054291 |
| chr6.1 | mRNA | 24923963 | 24942329 | 24923963 | ID=MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291 |
| chr6.1 | exon | 24923963 | 24924121 | 24923963 | ID=MS.gene054291.t1.exon1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24923963 | 24924121 | 24923963 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | exon | 24926740 | 24926820 | 24926740 | ID=MS.gene054291.t1.exon2;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24926740 | 24926820 | 24926740 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | exon | 24930334 | 24930583 | 24930334 | ID=MS.gene054291.t1.exon3;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24930334 | 24930583 | 24930334 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | exon | 24932581 | 24932720 | 24932581 | ID=MS.gene054291.t1.exon4;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24932581 | 24932720 | 24932581 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | exon | 24933129 | 24933167 | 24933129 | ID=MS.gene054291.t1.exon5;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24933129 | 24933167 | 24933129 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | exon | 24938287 | 24938367 | 24938287 | ID=MS.gene054291.t1.exon6;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24938287 | 24938367 | 24938287 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | exon | 24941982 | 24942329 | 24941982 | ID=MS.gene054291.t1.exon7;Parent=MS.gene054291.t1 |
| chr6.1 | CDS | 24941982 | 24942329 | 24941982 | ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1 |
| Gene Sequence |
>MS.gene054291 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