AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene054291


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene054291.t1 MTR_6g043220 95.833 168 7 0 1 168 1 168 9.10e-117 337
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MS.gene054291.t1 AT5G64780 36.719 128 68 3 224 348 54 171 7.24e-14 69.7

Find 85 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATTAAAGCTTTATTGATTA+AGG 0.208894 6.1:-24933130 None:intergenic
AATCTTCAGCTTTATCAAAT+TGG 0.213955 6.1:+24930562 MS.gene054291:CDS
AATCTTCAGCTTTATCAAAT+TGG 0.213955 6.1:+24942210 MS.gene054291:CDS
CCTGTCACTTCAGGATCTTC+TGG 0.220765 6.1:+24942084 MS.gene054291:CDS
TCAGGCTTTCCTGTCACTTC+AGG 0.233208 6.1:+24942075 MS.gene054291:CDS
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TTTGAAAACACCGAGTTCTT+TGG 0.310535 6.1:-24930514 None:intergenic
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GCCCGGCCCCAGCTATTGTT+TGG 0.350708 6.1:-24942107 None:intergenic
AACTGCTGCATAATCCATAT+TGG 0.366743 6.1:-24932701 None:intergenic
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TGATGTAGTTAACTACATTC+AGG 0.382450 6.1:+24938346 MS.gene054291:CDS
GCATCATTGGTTGTGGCTGC+TGG 0.392642 6.1:-24942041 None:intergenic
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CAGAATGAGTTAGATTATTG+TGG 0.452182 6.1:+24930331 MS.gene054291:intron
CAGAATGAGTTAGATTATTG+TGG 0.452182 6.1:+24941979 MS.gene054291:intron
GGCCAAACAATAGCTGGGGC+CGG 0.453630 6.1:+24930457 MS.gene054291:CDS
GGCCAAACAATAGCTGGGGC+CGG 0.453630 6.1:+24942105 MS.gene054291:CDS
ATCAGAGCGGAGTCCTTGCC+CGG 0.458881 6.1:-24942124 None:intergenic
CATGCAAGACATAAGGATAA+GGG 0.464184 6.1:+24932619 MS.gene054291:CDS
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GCCAAACAATAGCTGGGGCC+GGG 0.486665 6.1:+24942106 MS.gene054291:CDS
CAGAAGCTTTCGTTTCATGC+TGG 0.492228 6.1:+24924083 MS.gene054291:CDS
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ACAATAGCTGGGGCCGGGCA+AGG 0.510273 6.1:+24942111 MS.gene054291:CDS
GGCACTCTGGGTGACATGGA+TGG 0.523648 6.1:-24942009 None:intergenic
TTGACAGGCATCATTGGTTG+TGG 0.524035 6.1:-24942048 None:intergenic
GGCGCTCTGGGTGACATGGA+TGG 0.526755 6.1:-24930361 None:intergenic
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CCAGAAGTTCCTGAAGTGAC+TGG 0.532351 6.1:-24930436 None:intergenic
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AGTGACTGGAAAGACTGAAC+TGG 0.534939 6.1:-24930422 None:intergenic
CAGTGGCGCTCTGGGTGACA+TGG 0.538079 6.1:-24930365 None:intergenic
CAGCTTTATCAAATTGGTGA+GGG 0.538099 6.1:+24942216 MS.gene054291:CDS
CTTCTGGCCAAACAATAGCT+GGG 0.538593 6.1:+24942100 MS.gene054291:CDS
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AACAAGAAGAAGGAGGGTCG+AGG 0.541006 6.1:+24938312 MS.gene054291:CDS
ATCGGAGCGTAGTCCTTGCC+CGG 0.541129 6.1:-24930476 None:intergenic
GAACTGGTGACAGGTATCAT+TGG 0.541710 6.1:-24930406 None:intergenic
CTTCTGGCCAAACAATAGCT+GGG 0.543316 6.1:+24930452 MS.gene054291:CDS
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CTTTATCAAATTGGTGAGGG+TGG 0.546767 6.1:+24942219 MS.gene054291:CDS
GCTGAAGATTTCGACGTACA+GGG 0.553299 6.1:-24942197 None:intergenic
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GGTGGAGAAGGAAGCATACA+TGG 0.562243 6.1:-24924015 None:intergenic
TTCCAATAATGATTCTGCCA+TGG 0.570860 6.1:+24942290 MS.gene054291:CDS
GCTGAAGATTTCGACGAACA+GGG 0.582791 6.1:-24930549 None:intergenic
CTAGTCTGCATGCATATCCA+TGG 0.585175 6.1:-24942307 None:intergenic
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GTGACAGGTATCATTGGCTG+TGG 0.588517 6.1:-24930400 None:intergenic
TGAAAATCAGCCAAAGAACT+CGG 0.589877 6.1:+24930504 MS.gene054291:CDS
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TGGATTTGGAAACAAGAAGA+AGG 0.601954 6.1:+24938302 MS.gene054291:CDS
ACAAGAAGAAGGAGGGTCGA+GGG 0.630981 6.1:+24926766 MS.gene054291:CDS
ACAAGAAGAAGGAGGGTCGA+GGG 0.630981 6.1:+24938313 MS.gene054291:CDS
AAGGATAAGGGCATTAATGG+AGG 0.638569 6.1:+24932631 MS.gene054291:CDS
TTCTGGCCAAACAATAGCTG+GGG 0.641341 6.1:+24942101 MS.gene054291:CDS
TTCTGGCCAAACAATAGCTG+GGG 0.648372 6.1:+24930453 MS.gene054291:CDS
TTTGGAAACAAGAAGAAGGA+GGG 0.660375 6.1:+24926759 MS.gene054291:CDS
TTTGGAAACAAGAAGAAGGA+GGG 0.660375 6.1:+24938306 MS.gene054291:CDS
ATTTGGAAACAAGAAGAAGG+AGG 0.667699 6.1:+24926758 MS.gene054291:CDS
ATTTGGAAACAAGAAGAAGG+AGG 0.667699 6.1:+24938305 MS.gene054291:CDS
GACTTCGTCGAGACTTGACG+CGG 0.668540 6.1:-24923985 None:intergenic
TTCGTCGAGACTTGACGCGG+CGG 0.696398 6.1:-24923982 None:intergenic
CTGAGAAAGAGAATTAGCAG+CGG 0.709453 6.1:-24924036 None:intergenic
GAGTTTCACAATAATCAGAG+CGG 0.750112 6.1:-24942137 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr6.1 gene 24923963 24942329 24923963 ID=MS.gene054291
chr6.1 mRNA 24923963 24942329 24923963 ID=MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291
chr6.1 exon 24923963 24924121 24923963 ID=MS.gene054291.t1.exon1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24923963 24924121 24923963 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 exon 24926740 24926820 24926740 ID=MS.gene054291.t1.exon2;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24926740 24926820 24926740 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 exon 24930334 24930583 24930334 ID=MS.gene054291.t1.exon3;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24930334 24930583 24930334 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 exon 24932581 24932720 24932581 ID=MS.gene054291.t1.exon4;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24932581 24932720 24932581 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 exon 24933129 24933167 24933129 ID=MS.gene054291.t1.exon5;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24933129 24933167 24933129 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 exon 24938287 24938367 24938287 ID=MS.gene054291.t1.exon6;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24938287 24938367 24938287 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 exon 24941982 24942329 24941982 ID=MS.gene054291.t1.exon7;Parent=MS.gene054291.t1
chr6.1 CDS 24941982 24942329 24941982 ID=cds.MS.gene054291.t1;Parent=MS.gene054291.t1
Gene Sequence

>MS.gene054291

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