AlfalfaGEDB | MsG0580025315.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580025315.01

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PPI

Gene1	Gene2	Type

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0580025315.01.T01	MTR_5g026290	93.333	135	8	1	1	134	1	135	2.80e-91	260

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score

Find 18 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 25 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
ATATTTGTACTTTGTTAATT+TGG	0.112303	5:+16869182	None:intergenic
CTTTGTTAATTTGGAATAAC+TGG	0.189219	5:+16869191	None:intergenic
TCTTTGAAGTTGCTTTCTTC+AGG	0.231770	5:+16869437	None:intergenic
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AAGGGATCATCACATGAAAT+AGG	0.348210	5:-16869404	MsG0580025315.01.T01:CDS
CTGCACAATGCATTAGTGTT+TGG	0.388403	5:+16869546	None:intergenic
CTTTGAAGTTGCTTTCTTCA+GGG	0.422990	5:+16869438	None:intergenic
GCACAAAAGCTTCACAGGTT+GGG	0.439585	5:-16869353	MsG0580025315.01.T01:CDS
CTCAAGCACAAAAGCTTCAC+AGG	0.495602	5:-16869358	MsG0580025315.01.T01:CDS
GCAGCTTCTTATGGTGAAAG+AGG	0.521502	5:-16869527	MsG0580025315.01.T01:CDS
AGCACAAAAGCTTCACAGGT+TGG	0.529568	5:-16869354	MsG0580025315.01.T01:CDS
TGCTAGTGAATCAAGGATGA+TGG	0.543307	5:-16869252	MsG0580025315.01.T01:CDS
CCATCTCGTCGCAAAAGCTA+TGG	0.544204	5:-16869491	MsG0580025315.01.T01:CDS
GAGATGTTGCTAGTGAATCA+AGG	0.609919	5:-16869259	MsG0580025315.01.T01:CDS
GCTAGTGAATCAAGGATGAT+GGG	0.613297	5:-16869251	MsG0580025315.01.T01:CDS
ATTCACTAGCAACATCTCCA+AGG	0.613391	5:+16869264	None:intergenic
GATGGGAATTGATGCACCAA+TGG	0.622941	5:-16869234	MsG0580025315.01.T01:CDS
CGATGCTATTCTCTACTCGA+CGG	0.702175	5:+16869465	None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!!	TTTTCTTTACATAGTAATTA+AGG	-	Chr5:16869465-16869484	MsG0580025315.01.T01:CDS	15.0%
!!	TTCAAAGAACAAAAAAACAA+GGG	-	Chr5:16869352-16869371	MsG0580025315.01.T01:CDS	20.0%
!	ATAACTGGAACAGAAAAATA+TGG	+	Chr5:16869571-16869590	None:intergenic	25.0%
!	CTTCAAAGAACAAAAAAACA+AGG	-	Chr5:16869351-16869370	MsG0580025315.01.T01:CDS	25.0%
!!!	AAGGTTAAAGCATTTTACAA+TGG	-	Chr5:16869484-16869503	MsG0580025315.01.T01:CDS	25.0%
	AAGGGATCATCACATGAAAT+AGG	-	Chr5:16869370-16869389	MsG0580025315.01.T01:CDS	35.0%
!	GAAAAATATGGTTCTGCCAT+TGG	+	Chr5:16869559-16869578	None:intergenic	35.0%
!	GCATTTTACAATGGTTTCCT+TGG	-	Chr5:16869493-16869512	MsG0580025315.01.T01:CDS	35.0%
!!	CTTTGAAGTTGCTTTCTTCA+GGG	+	Chr5:16869339-16869358	None:intergenic	35.0%
!!	TCTTTGAAGTTGCTTTCTTC+AGG	+	Chr5:16869340-16869359	None:intergenic	35.0%
	ATGCATTGTGCAGCTTCTTA+TGG	-	Chr5:16869238-16869257	MsG0580025315.01.T01:CDS	40.0%
	ATTCACTAGCAACATCTCCA+AGG	+	Chr5:16869513-16869532	None:intergenic	40.0%
	CTGCACAATGCATTAGTGTT+TGG	+	Chr5:16869231-16869250	None:intergenic	40.0%
	GAGATGTTGCTAGTGAATCA+AGG	-	Chr5:16869515-16869534	MsG0580025315.01.T01:CDS	40.0%
	GCTAGTGAATCAAGGATGAT+GGG	-	Chr5:16869523-16869542	MsG0580025315.01.T01:CDS	40.0%
	TGCTAGTGAATCAAGGATGA+TGG	-	Chr5:16869522-16869541	MsG0580025315.01.T01:CDS	40.0%
	AGCACAAAAGCTTCACAGGT+TGG	-	Chr5:16869420-16869439	MsG0580025315.01.T01:CDS	45.0%
	CGATGCTATTCTCTACTCGA+CGG	+	Chr5:16869312-16869331	None:intergenic	45.0%
	CTCAAGCACAAAAGCTTCAC+AGG	-	Chr5:16869416-16869435	MsG0580025315.01.T01:CDS	45.0%
	GATGGGAATTGATGCACCAA+TGG	-	Chr5:16869540-16869559	MsG0580025315.01.T01:CDS	45.0%
	GCACAAAAGCTTCACAGGTT+GGG	-	Chr5:16869421-16869440	MsG0580025315.01.T01:CDS	45.0%
	GCAGCTTCTTATGGTGAAAG+AGG	-	Chr5:16869247-16869266	MsG0580025315.01.T01:CDS	45.0%
	CCATCTCGTCGCAAAAGCTA+TGG	-	Chr5:16869283-16869302	MsG0580025315.01.T01:CDS	50.0%
!	CCATAGCTTTTGCGACGAGA+TGG	+	Chr5:16869286-16869305	None:intergenic	50.0%
!	CTTTTGCGACGAGATGGTGT+TGG	+	Chr5:16869280-16869299	None:intergenic	50.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr5	gene	16869196	16869600	16869196	ID=MsG0580025315.01;Name=MsG0580025315.01
Chr5	mRNA	16869196	16869600	16869196	ID=MsG0580025315.01.T01;Parent=MsG0580025315.01;Name=MsG0580025315.01.T01;_AED=0.32;_eAED=0.32;_QI=0\|-1\|0\|1\|-1\|1\|1\|0\|134
Chr5	exon	16869196	16869600	16869196	ID=MsG0580025315.01.T01:exon:22794;Parent=MsG0580025315.01.T01
Chr5	CDS	16869196	16869600	16869196	ID=MsG0580025315.01.T01:cds;Parent=MsG0580025315.01.T01

Gene Sequence

>MsG0580025315.01.T01

ATGGCTTCACAACTTGTTAGTGATGTCAAATGCCAAACACTAATGCATTGTGCAGCTTCTTATGGTGAAAGAGGAAGCAAACCAACACCATCTCGTCGCAAAAGCTATGGCTACCGTCGAGTAGAGAATAGCATCGTCTACCCTGAAGAAAGCAACTTCAAAGAACAAAAAAACAAGGGATCATCACATGAAATAGGTGTAAAACGTAACACAAATCTAGCTCAAGCACAAAAGCTTCACAGGTTGGGATTCTCTTACATTGCAACATCTTTTCTTTACATAGTAATTAAGGTTAAAGCATTTTACAATGGTTTCCTTGGAGATGTTGCTAGTGAATCAAGGATGATGGGAATTGATGCACCAATGGCAGAACCATATTTTTCTGTTCCAGTTATTCCAAATTAA

Protein sequence

>MsG0580025315.01.T01

MASQLVSDVKCQTLMHCAASYGERGSKPTPSRRKSYGYRRVENSIVYPEESNFKEQKNKGSSHEIGVKRNTNLAQAQKLHRLGFSYIATSFLYIVIKVKAFYNGFLGDVASESRMMGIDAPMAEPYFSVPVIPN*