AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene051700


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MS.gene051700.t1 MTR_7g056133 99.541 218 1 0 1 218 1 218 5.23e-157 433
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MS.gene051700.t1 AT5G48660 75.799 219 52 1 1 218 1 219 1.86e-94 275
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Find 35 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AACTCTCTTGTCTTTCTCTT+CGG 0.340250 7.3:-49227617 None:intergenic
TCTAACAGAAGGTTTGAAAA+AGG 0.345623 7.3:+49227582 MS.gene051700:CDS
GGATCTTGTGATGAAGAGTT+TGG 0.371144 7.3:+49216664 MS.gene051700:CDS
GATTATTGCTGAAGGTGTTA+TGG 0.376307 7.3:+49216607 MS.gene051700:CDS
GGAAGACAACCAAAATCTTC+AGG 0.401724 7.3:+49227714 MS.gene051700:CDS
TTTCTTATGATGGTAAAGAT+AGG 0.402027 7.3:+49216632 MS.gene051700:CDS
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CAAAATCTTCAGGCTCAAGC+AGG 0.486517 7.3:+49227724 MS.gene051700:CDS
GCTTGGTACTATGTCACCTA+TGG 0.487529 7.3:+49216802 MS.gene051700:CDS
AAATGTCGAGCTCAAAGAAA+AGG 0.491750 7.3:+49227510 MS.gene051700:CDS
GCTTGAATATGACAGACTCT+TGG 0.508233 7.3:+49227693 MS.gene051700:CDS
GGTAAAGATAGGTCCATTAA+GGG 0.516157 7.3:+49216643 MS.gene051700:CDS
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GAACTTTCAACTCTAACAGA+AGG 0.533214 7.3:+49227571 MS.gene051700:CDS
CAGAACAAAGGTGCTAAGCT+TGG 0.534297 7.3:+49216785 MS.gene051700:CDS
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GGGAGCTTCAAAAGAAGAAG+TGG 0.560241 7.3:+49227471 MS.gene051700:CDS
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CTCCAGAGAACTTGATCCAT+AGG 0.565099 7.3:-49216818 None:intergenic
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ATTAATTTAAGGAGTAACAT+GGG 0.596773 7.3:+49227451 MS.gene051700:CDS
GCAGGGAGGCATAAGAGTTG+AGG 0.597943 7.3:+49227742 MS.gene051700:CDS
AGTTTGGATCAACTCAAGAT+GGG 0.605908 7.3:+49216680 MS.gene051700:CDS
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CTTGTTAAGATCCAGAACAA+AGG 0.651048 7.3:+49216773 MS.gene051700:CDS
TTCGATCAATTAGAAACCCG+AGG 0.671263 7.3:-49227405 None:intergenic
ATCTTCAGGCTCAAGCAGGG+AGG 0.695143 7.3:+49227728 MS.gene051700:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr7.3 gene 49216584 49227762 49216584 ID=MS.gene051700
chr7.3 mRNA 49216584 49227762 49216584 ID=MS.gene051700.t1;Parent=MS.gene051700
chr7.3 exon 49216584 49216869 49216584 ID=MS.gene051700.t1.exon1;Parent=MS.gene051700.t1
chr7.3 CDS 49216584 49216869 49216584 ID=cds.MS.gene051700.t1;Parent=MS.gene051700.t1
chr7.3 exon 49227392 49227762 49227392 ID=MS.gene051700.t1.exon2;Parent=MS.gene051700.t1
chr7.3 CDS 49227392 49227762 49227392 ID=cds.MS.gene051700.t1;Parent=MS.gene051700.t1
Gene Sequence

>MS.gene051700

ATGATTCAGTTGTTGTTTTTGGTGATTATTGCTGAAGGTGTTATGGCTTTTCTTATGATGGTAAAGATAGGTCCATTAAGGGATCTTGTGATGAAGAGTTTGGATCAACTCAAGATGGGAAAAGCACCAGCTACTGTAAAAACTATTGCTGGTACAATGTTTGTGATTCTTCTTTCAAGTCTTATGAGTCTTGTTAAGATCCAGAACAAAGGTGCTAAGCTTGGTACTATGTCACCTATGGATCAAGTTCTCTGGAGAACTCACTTGCTTGAAGCTTATCTTCTTGGTATGTTCATGTTCCTTTTATCTTTGTTATTTGATTGTTTTAATGCTTATAGATTTATTTATGTTTTGTTTGGTAAGTTAAGTTAATTTTCAAGTTGTGAAGTTAGGTTAATTTTACAGGAACTAAAAAGTGAGATTTTTTTGTAGGTTAATTTTAATTCTCTTATGTTGTTAAGTTAGGTTAAATTTCAAGTTGTTAAGTTAGGTTAGTTTTGATACTCTTATGTTGTTATGTTAGGTTAATTTTCAATTTGTTAAGTTAGGTTAGTTTTAATGCTCTTATGTTGTCAAGTTAGGTTAATTTTCAAGGGTTAGAAAGAAGAATTAATGTGTGGCTGGTATGTGTTTTTTTGTTTTTGTGTATAAGTTGTTTTTGCTTTGTTGTTGAAGTTGTTTTAGAAAACTATATAATCTTTTAGTTTAATTAGAAACTCTAACATACCGGTCGCTTTTGGGAATGGACATATTAGAAGTTCGTTTTTCGACTCACTAACCCGCTTACAGCATATGTCATTTCCTTTATTTATCTGAATTTATTACTTGATGTCGTATTTGCCGCGGACTGGCATTGTATATGCGTTATTTTCGTATAGCAGTTATAGCTCATAATTGTAAATCTGCCAGCTTTGGTGTTTGGTTTTTTTTTATGATTCTGATTAAAAACACGTTTATGACATCACAATTACATATTTATCTGTTCGAAATTATCATGGCTCACGACAATGGCTGTGTTTATAAAATAACCCAAAATGCAATACCTGAACGATGAGGCTGCGTAGTGCGCAAAACATTAACCTCATAGCTCTCAAAATAATTGAAGTCAGATCAAGAATATATGAGCAGACCCACCATTGGAAGTTTGCAATGAAACCAACAGGCCAATGAGGTGAAAGAAAACAACTCTGATGGGCTAAAACCTAGATATCAATCTGAATCTAACTCCAATGAGGAGGGGGGGGGGGGACCTGGTGCCTCCATCCTTCATTCTAGAAATTTTGATCCCTGTACATTAGCAATTTGGCCACCGATTTTGAACTTGTTAAGCTCATTTTGTGTGCTGAATTATGAAACCTATACTTACGAATTTGTCCAATAATACCGCTGTGATATATGTTTCTGTATTCTGGTGTAGTATCCCAACTTGGCAATGAGGTGAATGAACCTTACTCTGATGAGCTAAAGCCTAGCTCTATCAAGAATATAACTTCAACAAAGGGAACCTAGTACCACCATCGTTCACTCTTTAGTAATTTTGAACCTTGTGATTTGCCAATTTGTCCATTGATTTTACAAGCATTAAAAAGGCCACAACTTTCGGCGATGTTAGGACTAAACCCACCACGCTAAATCTAGCACAATGAAGGCGGTCCAAATTTTCCGCGATTAAGGTGGCCAGGGATGAACCATAATTAAGGCGGAATTATAGTGATGTTTAGCAGCAGATATCCCCGTCGAAAACAGCTATACTTTGATATGGTATATACAAGTGTTGTTTAGTCCCACATCGTACGATGTTGAAAGCTGTCGACAGAAGAGAGAGCATAAAATAACCTTCTATTCCAACGTCTCAACAAGCTTACATAGACGGGGTCAATGGATGATCAAGAAGGTCCATGACCTAGACTAGTAACCTCCATTGCACTTAGGAGGGTTGCTGGTCTAAGGCCCACCCAAGTGGTGGTGCCTACGTCATAATTTGTGGTAGTGGGACCGGCATTCGTGCGGCCCCTTCAAGTCAAAATAATGTTTTTATTTTTTTTATTTTTTTATATTTGTTGGTCTAGTAGCCTAGTGGAGAAGTGGGGAATCCGGTTTTCGAACCACGACCCCTGCAAATAATGTCCTTCGTAGCTACCAACTGAGCTACACTTACGGGCATGTTTTTTAAACTGTGAAAAGGAGTTACATATTTTATTCATTTGTTTAATTTTCCATATCGGCTTCCTACCATTTCTTTTTGGTCGGTACCGATGGCACATTGTTGGCAGACCTCCTACGAGGATCTTGTTAAATACTTGCTTTTTAAATTTTGGGTCTGTGTAGTATTATATCGTACAATGTATATTGGCTTCTTAGAAATCAAGACTTCTTAGAAGTCAGGTGGGTCATGAGGAACGACTCTTATTGTTATATTCCTCAAACATGCCTAACATTTTAGACAATAAAAAGTCCTAAAGGCAATACCTGAATGATGAGGTTGCATAATGCACAAAACATTAACCTCACATTGGTAGCACTAGATTCTACAACATCCTAATGTAAAGCCTATCCGCAAAGAAGGTGAATGACGTTGTATTGAGTCTCAATCCGATTGCTCCCAACTTAATTTAAGTTATGATCAAGAATAGATGAGAAAACCCATCATTGCAAGTCATCTAGGAGCCCAACAGTCCATTCGGGTGAATGGACCTGACTCTGATGGGCTAAAACCTAGCTCTATCAAACTGAATCTAGCTCCAATGATGGGAACCTAGTGCCATATCTTTCACTCCATACATTTTGAGCCTTGTGATTTGCCAATTTGTCCACCGATTTTGAACTTGTTACACTCTTTTGTGTGTGCTTAGTTGTGAACCTATATTGTGATTTGAGAATTTGTCCATAAGTTTTGAATTTTGATCTATGTTTGTGGATTCTGGTGTAGTACCCCAACATGACAATGAGGTGAATGAACCCTACTCTGATGAGCTAAAACCGTGCTCTGTCTTGTTGAATCTAACTTCTTTTTTATCATCATGCTGTGAAAACATGTATTTATAAGTTGTTTTTGCTCTGTTATTATTGAAGTTGTTTCAGAAAACTATATAATCTTTTAAATCTAATTAGAAACTTTAACGTACCGGTCAATATTAAGTTGCTATTGGAAATGGTCATATTAAAAGTTCCTTTTTCCAATCACTAATCTGCAAACAGGATAGTTCGTTTCCCTTATTTATCTGAATTTATTACTCAATGTCTTATTTGGTGCCGTTTGGCATTATATATGCGTTATTTTTGTAAAGCAGTTAAAGCTCATAATTGTAAATCTGCCAGCTTTGTGTCTGGTTTCTTCATGATTCTCATTAAAAATACTTTATAACATTACAATTACATATTTATCTGTTTGATATCATGGCTCATGACAATGTCTGTTTATAAAATAACCTAAAATGCAATACCTGAATGATGAGGTTGTGTAGTTCACAAAACATTAACCTCATAATGGTAGCACTGGACTCCACAACATCGCAACCTTTTCCTATCCGCTAAGGAGGTGAATGATGTTGTATCGAGTCTGTTAGAAACTGAGTTCACCATTGATGAATGTTAGAAAAGCTTGAAAAACTCAAAGAAAGAGAAGAGAGAGAAAGAATCTCTAACTAACTTTGTAACAGAATTGTTATTATGATATTGTTGAATGAGTTACAAGGAGGTACAAGAATATATAGGCTAAGAGATTGTATGACAGCTGTACACAATATAACAGCTGTCATTAGATTGCAATGCAAGACTTAAAACAAGAGAAACTAACTAAACCTGAGATGCTTTAATGCATCAGAATCCTATATATTCTAACAGAGTCCAACCCCATAGCTCCAAAACAATTGAAGTCACGAATAAGAATAGATGAGGAAACCCATCGTTGCAAGTTTGCAATGAACCCAACAGGCCATTGAGGTGAATGTAACCAGCTATGCTGGGCTAAAAACTAGCTCTATCGATTCTCAATCTAGCTCCAACGAGGGGAACCTAGTGCCACCATCCTTCACTCTTTTTGTGTGCTGACTTGTGAAACCTATACTTTCATCTGTGAATGTGTCCATCAGTTTTGAACTGTGATATATGTTTGTGTATTCTGTTGTTGTAGTATCCCAACATGCCAATGAAGTGAAGGAACCTTACTCTGTTGAGCTAAAACCTAGCTCAATCAAGTTGAGTCTAACTTCAACAAGGGGAACTCAATACCATCATTGTTCACTCTTTTGTAATTTCGAACCTCATGATTTGCCAATCTGTCCATTGATTTTGATCTTATTACGCTCTTACAAGCATCGAAAAGGCCATAGCTCCCGGCGATGTTAGGAATAAACCTACCCAGTTTTATCTAGAACAATGAAAGCACAGGAGGCTGCAATGAAGACAGTCCAAATTTGCCGCAATTAAGGCGGCTAGGGATGGACCGCATTAAGGCGGAATTTTAGAGTGATGCTTTGCAGGAGAGTTCCCCGTCAAAAACAGCTAGAGTTTGATATGGTATATTCAGGTGTAGTTGAGTCCCACATCGAAAGTAGTTGAAAGCTGTTGACAGAAGAAAGATTATAAAATAACCTCCAATTCCAGGGTTGCAACATACTTACCTTGACGGGGCCGATGGGTGATCAAGAAGACCCATGACCTAGACGAGTGACCTCCATTGCACTTAGGAGGGTCGCTGGTCTAAGGCCCACCCAAGTGGTTGAGACCTGCGTCATAATTTGTGGTAGTGGGGCCTGTGTTTGCTGGCCCCTTCCAAGCCAGTATAATGTTTTTTAGACGGGAGTTTAGATCTGCTCCATTTAGGAACTATCCATTTAGTTATGACCTAGATGAGTGACCTCCATTGCACTTAGGATGGTCGCTGGTCTAAGGGTTGAGACCTACGTCATAATTTGTGATAGTGGGGCCGGTGTTTGTGGGCCCCTTCGAAGCCAGTATAATATTTTTTAGACGGGAGTTTAGATCTGCTTCATTTAGGA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Protein sequence

>MS.gene051700.t1

MIQLLFLVIIAEGVMAFLMMVKIGPLRDLVMKSLDQLKMGKAPATVKTIAGTMFVILLSSLMSLVKIQNKGAKLGTMSPMDQVLWRTHLLEAYLLGFTLFLGFLIDRMHHYLQKLINLRSNMGASKEEVENLKKENVELKEKEEKASKEIKQLKKELSTLTEGLKKVKMESEEKDKRVETADAHVASLQKQAADLLLEYDRLLEDNQNLQAQAGRHKS